發酵技術是平菇、雙孢蘑菇、雞腿菇等發酵料栽培的關鍵技術，主要原理是培養料通過采用物理調控，為自然存在的有益微生物創造一個良好的生態環境，滿足其生長繁殖，經生化作用后積蓄了食用菌生產所需的營養物質。其作用還體現在：一是殺死病原菌、害蟲以及各類害蟲的卵、幼蟲及成蟲；二是促使嗜熱性微生物大量繁殖，更加旺盛地分泌水解酶類；三是培養料在酶的作用下加速分解，形成腐殖質一類化合物供食用菌菌絲利用。
論壇對發酵料產生放線菌問題說法不一，嗜熱放線菌利用培養料在發酵中殘留的氨轉化為氮源，加速基質降解，產生聚糖類物質、煙酸、B族維生素及氨基酸等以利食用菌菌絲吸收，可以說放線菌的產生是發酵料不可缺少的，但過度的發酵，放線菌產生過多肯定會對食用菌菌絲生長造成負面影響，營養的耗損也會導致產量的下降。
發酵技術源于有益的微生物群體活動的掌控上，發酵中原來不能共生的微生物，通過相互交換食餌和生成條件，達到共同生存、發展的目的。例如：光合細菌是厭氧菌，可將來自太陽熱能作為能源，合成抗氧化物質、氨基酸、糖類等各種有利的物質；固氮菌是好氣菌，可將大氣中的氮變成食用菌能夠吸收利用的物質，固氮菌以有機質為食餌，它的排泄物是光合細菌喜食的食餌，而光合細菌排泄物是固氮菌的食餌。這種食餌交換循環建立以后，一旦固氮菌過分繁殖則處于缺氧狀態，通過光合菌的作用，就能夠共存。總的來說，通過有益微生物群體活動，使培養料在發酵中增加抗氧化物質，集結能量抑制，消減有害的活性氧化成分，大大改善食用菌培養料的生態環境條件，促進食用菌菌絲的健康生長，從而達到提高食用菌產量和質量的目的。
發酵時培養料堆料不宜過高，堆料過高，則很容易因中部溫度過高而造成營養損耗；同時由于過高的料堆也因物料的軟化導致物料間空隙度縮小而減少供氧量，從而造成局部厭氧發酵； 打好料堆孔。打孔的目的首先是為了透氣增氧，增加物料間有益微生物菌群繁殖所需的供氧量。參考文獻略【作者myb轉載請注明來源于易菇論壇】