（一）接種后料面上和菌塊上出現綠霉：
1、接種不嚴密，無菌操作規程失誤所致。
2、菌種本身污染。
3、培養環境不適，高溫、高濕通風差。
4、環境污染嚴重，老菇房未嚴格消毒，或靠近污染源。
5、封口不嚴或棉塞受潮。
（二）接種后既不長雜菌，菌種也不長：
1、原料處理不當，沒有進行干曬，由各種微生物活動產生的有毒的化學毒素存在于培養料中。
2、裝瓶或裝袋后未及時滅菌，培養基因酵母菌作用而發酵發臭，產生了大量的抑菌物質。
3、加入的白灰量大，堿值過高。
4、加入的松木鋸木屑沒有進行干曬處理，松油含量高或加入的松木鋸木屑比例超過20%。
5、培養基中加入尿素等化學肥料，或加入了多菌靈等化學農藥。
（三）菌種萌發但不向料中生長：
1、瓶內或袋內培養基發酵變質。
2、原料變質。防治措施，拌料前應嚴格選擇原料，含有油脂、芳香味、乙醇等物質的松杉、柏、桉、香樟，速生楊樹鋸末不宜分解用作培養基。其它闊葉樹種鋸末應堆成大堆，讓其自然發酵，待溫度達到60～80℃，保持3～4天左右，鋸末變成褐色，散堆降溫，曬干備用。另外，使用新鮮的麥麩或稻糠，拌料時要加新鮮自來水、河水、井水。
3、裝料過滿，棉塞觸料，袋內沒有空間，防治措施：17×33㎝的袋，料裝至17～18㎝處，料面離棉塞必須有3～5㎝的空間距離，這樣利用袋內空氣流通，保證菌絲生長對新鮮空氣的需要。
4、滅菌不徹底。滅菌時間短，溫度低，沒達到殺死微生物的程度，致使一些嗜熱型微生物生長繁殖，抑制菌絲的生長。
5、培養料堿值過高，拌料時嚴格掌握生石灰的使用量，防止堿值偏大抑制菌絲的生長。
6、培養基內氮源、維生素等營養物質偏低。培養基內由于麥麩、豆餅粉等比例偏低，造成氮源、維生素含量不夠，滿足不了菌絲生長的需要，致使培養基內營養物少菌絲難以吃料。
7、料中水份過大。
（四）菌絲吃料，但生長細弱無力：
1、含水量小。培養基的含水量在60%時，菌絲才能夠分解吸收基質的營養，如果低于60%的含水量，菌絲生長細弱無力。
2、滅菌時間短。滅菌兩個目的，第一是殺死培養基的全部雜菌，第二是增加基質腐熟程度，利用木耳菌絲迅速分解吸收營養。滅菌雖然殺死了雜菌。，如果腐熟程度達不到，前期菌絲細弱無力，但經過一段時間的培養，逐步會健壯起來的。
3、培養基堿值過高。堿值對抑制霉菌有積極作用，但堿值過大，黑木耳菌絲是難以適應的。拌料時要嚴格掌握生石灰的使用量，防止將白灰誤認為石膏，堿值過大，使菌絲生長細弱，嚴重時菌絲不生長。
4、棉塞過緊。如棉塞浸水或過緊，不能完成透氣的作用，使袋內氧氣減少，CO2濃度增加，使菌絲細弱、稀疏。
5、培養基內氮源和維生素等營養物質偏低，培養基由于麥麩、豆餅粉等比例偏低，造成氮素維生素含量不夠，滿足不了菌絲生長對氮源的需要，菌絲自然稀疏無力，但也應注意，不要過多地加入氮源，防止菌絲徒長，不向生殖階段轉化。
6、個別菌株特性所致。經我們試驗，黑木耳優良菌種黑木耳11號，無論在菌種制種過程中還是在菌袋培育過程中，初期菌絲生長均呈現細弱無力情況，但隨著時間推遲，菌絲逐漸強壯起來。
（五、）長成的菌袋松散不緊密，軟而易碎，含水量大形成豆渣狀的“軟袋”，這種“軟袋”菌絲生長量很少，劃口后遲遲不出耳或耳芽長不大，在菌袋上面和開孔很快出現霉菌侵染，發生霉腐，造成木耳不出。
這個原因主要是培養料滅菌不徹底所形成。在滅菌操作時，有的滅菌時間達不到要求，有的火力不旺，蒸氣不足，有的裝袋太滿，袋與袋堆疊在一起，沒有分層放置，這些均會直接影響蒸汽流通和將培養料袋完全蒸透，常造成袋料的中心部位的滅菌“空區”，使一些耐熱性芽孢桿菌殘存，當進入培養階段，存活的細菌遇到合適的溫度，在養分豐富的培養料中大量繁殖，培養料變成暗灰色，帶有粘性，有污穢氣味或酸臭味，影響木耳菌絲向料內延伸，只能在四周表層生長，形成“軟袋”。
（六）、二茬污染雜菌（主要是綠霉）原因：
，在黑木耳頭茬采收后還沒等二茬耳長出來就污染了雜菌，造成二、三茬耳減收乃至絕收，降低了產量。這是因為：
1、上茬耳耳根沒摳凈。殘留的耳根因傷口外露，直接產生雜菌。
2、采耳過晚。種植戶看到又黑又大的子實體，越大越想大，結果子實體失去了彈性老化，體內營養外流，造成爛耳，爛耳部位的培養基隨即便產生雜菌。
3、高溫所致。高溫直至菌體變軟，吐黃水（這是菌絲體死亡的前兆），失去了抗雜能力，外界雜菌乘虛而入導致全部污染。
4、菌絲體斷面沒愈合。因子實體根部的培養基連根摳掉，造成了菌絲體產生了新的斷面，馬上澆水催耳，所以產生雜菌。
5、草簾子腐爛發霉。由于有的草簾過薄，甲基托布津消毒時間長（更有甚者，有的林場草簾子未經任何消毒處理），澆水過勤，造成出二茬耳時，草簾子草簾已發霉腐爛，草簾子本身已污染了雜菌，必然會使污染袋污染上雜菌（試驗現場觀察，用遮陽網覆蓋，雜菌污染明顯低于草簾）。
6、床面未清理。采完耳后的床面，常會散落些采耳時掉下的培養基、黑木耳子實體、草簾子掉下來的廢棄物。如不清理，一遇潮濕和不見直射光線后，便成了各種霉菌的培養基，爾后蔓延到栽培袋上。
7、采完耳的栽培袋未經直射光干燥。剛采完耳的袋，采耳處傷口外露，且濕度大不通風，不見光易長雜菌。為此，采完耳后將袋直接放在直射光線下降濕殺菌，以抑制霉菌的生長，菌絲愈合恢復的快，才能抑制雜菌的侵入。
8、澆水過早過勤。二茬耳子實體還未形成和封住采耳處時，澆水過早過勤易產生雜菌。
（七）袋長好后擺于畦上時間稍長，在劃口處及袋面現綠霉，造成黑木耳減產乃至絕收。
1、黑木耳菌種嚴重老化，致使菌絲活力弱，抗性差。
2、黑木耳發菌時間溫度調控不當，常時間高溫（28℃以上）菌絲內細胞質在高溫高濕影響下膨大，漲破細胞壁，無色透明的細胞質營養液流出，受到周圍環境因素的影響，轉變為黃色，即表現為吐黃水，各種雜菌趁機污染。吐黃水是菌絲被黏液包圍，生理活動受到限制，逐步走向死亡。
3、菌袋營養偏低。氮少碳多，營養不良，致使菌絲生長偏弱，沒有抵抗力。突出表現在菌絲不夠濃白，菌袋發軟發散，擺袋劃口后易出現綠霉侵染。
4、澆水早、澆水勤、 澆水多。在耳芽形成期，澆水過早、過勤、過多，木耳原基未封住劃口，澆水流進或滲入劃口內，造成污染。木耳原基分化期，剛形成的幼嫩子實體原基處于芽苞狀態，環境溫度高，濕度大，芽苞吸水過多細胞破裂，劃口處菌絲體停止生長而退菌，形成的子實體原基失去菌絲營養而停止生長，造成霉菌污染或流耳。
5、床面未清理干凈或場地靠近污染源。生產中有些使用原來的出耳場地，出耳床內散落采耳時掉下的培養基、子實體、草桿，甚至未及時處理的污染袋，廢棄物等，這些物質便成了各種霉菌的培養基，有的耳床靠近污染源或使用污染的水，直接產生雜菌造成經濟損失。
6、異常氣候影響。一般情況下，菌絲體遇到高溫、高濕，不通風等不良條件被雜菌侵染而死亡。在低溫高濕，不通風的條件下，菌絲生長緩慢，且不利于原基分化，長時間這樣維持，也極易造成污染。
7、菌種帶雜或栽培袋滅菌不徹底，原種、栽培種在接種時污染雜菌，發菌期間檢查出未作標記，通過拮抗作用，木耳菌菌絲將一些雜菌掩飾，滿瓶或滿袋時充作菌種，栽培袋接種后，雜菌很快適應便繁衍。如遇到栽培袋滅菌不徹底，將造成全袋迅速污染。
（八）子實體長得薄，耳片黃的原因：
1、黑木耳不同菌株習性所制。
2、培養基的原料選擇和配比不合理。C∕N失調，營養不全面，菌絲弱。
3、培養基因含水量小，菌絲生理缺水。
4、出耳期溫度高，超過25℃。
5、出耳期見光少。
（九）黑木耳爛耳原因：
黑木耳膠質狀的營養液外流，肉質破壞，失去商品及食用價值，就是爛耳，也稱流耳。造成爛耳的原因如下：
1、溫度高 。黑木耳是中溫型菌類，子實體生長溫度高于25℃，子實體細胞分裂加快，組織疏松，干物質積累少，如果持續上升，細胞組織破裂，膠質外流，造成爛耳。
2、積水過多。黑木耳子實體的生長需要空氣相對濕度80～90%，同時需要足夠的氧氣，如果濕度過大，造成積水，抑制子實體正常蒸騰作用，從而影響其新陳代謝活動，造成耳片腐爛。
3、出耳通風不良。草簾子過厚或通風管理不及時，使床內缺氧，子實體呼吸受阻，室息而腐爛，如果耳床不搭拱架，草簾子直接蓋在栽培袋上，更加劇了這種程度。
4、采收不及時。子實體如采收不及時，孢子彈射盡，失去了膠質狀子實體的彈性，使子實體老化而腐爛。
5、污染雜菌。污染雜菌是造成爛耳的直接原因。一般情況下菌絲體遇到高溫、高濕、不通風等不良條件而死亡。雜菌即分解這些菌絲尸體，造成子實體腐爛。
6、蟲害。環境不清潔，濕度過大等會滋生蟲害噬食菌絲體或子實體而爛耳。
（十）青苔的防止
1、青苔的性質與危害：青苔屬低級藻類植物，在水源充足、光照好、通風差、溫度高的環境中生長，在黑木耳栽培中與木耳爭奪養分，分泌粘稠物，使子實體無法生長。
2、生成原因：養菌期溫度過高，菌絲體傷熱后較弱，進入田間管理后，北方早春氣溫偏低，子實體生長緩慢，一些菌農管理經驗不足，認為多澆水長得快，結果澆水過早過多，袋內積水，當天氣進入6月份中旬，溫度急劇升高，因袋內積水過多，袋內菌絲體在缺氧的情況下被浸死，強烈光照必生青苔，當然菌絲體強壯抗擊青苔與雜菌的能力也強，受污染的機會要小的多。
3、防治措施：培育抗逆性強的菌絲體。養菌期溫度不要過高，拌料時添加《多維營養源》可使菌絲體強壯。另外，在田間管理期，地面使用《青苔克》每瓶1比30或1比10噴灑一遍，可有效控制因外界因素造成的青苔生長。 （十一） 黑木耳 耳片不開，形成大疙瘩是怎么回事
2008年春季，許多黑木耳栽培戶菌袋下地后，在劃口處出現黑木耳原基，但遲遲不開片，形成較大的疙瘩，這是因為前期溫度偏高，耳芽現的較快，但5月～6月份，我省遭遇了罕見的長期低溫天氣，耳農仍按歷年的常規方法澆水管理，外界的溫度又太低，滿足不了黑木耳葉片開展所需的溫度條件，而袋內的營養又緩慢輸送，導致了耳片不伸展，形成了大疙瘩，這類現象尤其是朵生菊花狀黑木耳品種較嚴重。