菇房消毒是預防食用菌病害發生，提高菌袋成品率，提高種菇效益的有效措施。其中，甲醛熏蒸消毒是菇房最常用的一種有效消毒方法。
熏蒸消毒是采用用福爾馬林與高錳酸鉀反應，產生甲醛氣體，使甲醛氣體彌漫菇房整個空間，經一定時間后殺死病原微生物。熏蒸消毒最大優點是熏蒸藥物能均勻地分布到菇房的各個角落，消毒全面徹底，特別適用于菇房內污染空氣的消毒。菇房熏蒸消毒時應注意以下幾點：
一、消毒時菇房要密閉。甲醛氣體含量越高，消毒效果越好。在菇房熏蒸消毒之前，一定要檢查菇房的密閉性。如果有縫隙，應用塑料布、報紙或膠帶等封嚴，以防漏氣，影響消毒效果。
二、盛藥容器要耐腐蝕。高錳酸鉀和福爾馬林都具有腐蝕性，混合后反應劇烈，釋放熱量，一般可持續10－30分鐘。因此，盛放藥品的容器應夠大，并耐腐蝕。
三、配合其它消毒方法。因甲醛只能對物體的表面進行消毒，所以，所以在熏蒸消毒之前應對菇房進行機械性清除和噴灑消毒。
四、溫度和濕度要適宜。采用用福爾馬林與高錳酸鉀反應進行菇房熏蒸消毒，一般舍溫不應低于10℃，相對濕度以60％－80％為好，不能低于60％。當菇房溫度在25℃，相對濕度在80％以上時，熏蒸消毒效果最好。
五、濃度和比例要當適。菇房熏蒸消毒，一般按福爾馬林10毫升／立方米、高錳酸鉀5克／立方米計算用量較為適宜。
六、消毒方法確保適當。先將水倒入陶瓷容器內，后加入高錳酸鉀，攪拌均勻，再加入福爾馬林。加入福爾馬林后人即離開，密閉菇房。用于熏蒸的容器應盡量靠近門，以方便操作人員迅速撤離。操作人員要避免甲醛與皮膚接觸。
七、保證一定消毒時間。菇房熏蒸消毒，一般24小時后即可使用，如不急用，最好可密閉2周后再使用，以確保消毒效果。
八、消毒后要通風換氣。菇房熏蒸消毒后，菇房內甲醛氣味較濃，有刺激性。因此，要通風換氣 2天以上再使用。如果急需使用，可用氨氣中和甲醛，根據空間大小用氯化銨5克／立方米、生石灰10克／立方米、75℃熱水10毫升／立方米，混合后放入容器內，即可放出氨氣。30分鐘后打開菇房門窗，通風30－60分鐘后即可進入。【作者MYB轉載請注明來源與易菇論壇】