這是一個老生常談的問題，很難有所定論，有人說適用的才是最好的，不無道理，能否找出更科學的定律，歡迎大家踴躍發言。
當前的二三級菌種容器五花八門，筆者所見所聞，歸納一下幾種：
1、食用菌專用玻璃菌種瓶 最早的科研單位和不少菇農原種所常用，優點是口徑適合，裝料速度也可以，玻璃導熱性好，滅菌容易徹底，瓶保水性能好，雜菌易觀察。缺點是價格較高，不易購買，容易破損，清洗麻煩。
2、500毫升輸液瓶 最早被產區菇農原種廣泛采用，優缺點基本同食用菌專用玻璃菌種瓶，但只是口徑小，雜菌更不易侵染，但缺點也是口徑小，裝料費時。這些瓶多從廢品站、醫院、獸醫站收購，價格較低廉，但也存在者目前的醫院多改用輸液袋或250毫升小輸液瓶，貨源開始緊張的問題。
3、食用菌專用塑料瓶 這種容器繼承了玻璃瓶的優點，避免了玻璃瓶的缺點。被不少從業者津津樂道。但也存在價格高、瓶沖洗費勁的問題。
4、17*33聚丙烯或聚乙烯袋 在很多菇農原種栽培種所采用，優點是裝料多、方便、價格低廉和接種方便，在產區被廣泛使用，但污染率高于瓶這是個不爭的事實。應注意在培養料含水量上要與瓶有所區別。
5、23*50聚乙烯大袋 這種方式見于有些菇農平菇的三級種，我對此持有看法，袋大是裝料多，省工省時，但誰能保證滅菌徹底呢？
6、15*58聚乙烯長袋 這種方式多為長春市香菇業戶三級種所采用，其基本操作實質上就是香菇菌棒生產模式，這種方式是否科學，筆者最不好定論。