當今菇農增收越來越難，其中一個最重要的原因是菇農組織化程度低，分散的小菇戶難以面對千變萬化的大市場。
總結幾十年來我國食用菌產業演變軌跡，可以形成一個基本結論：無論是專業化菇戶的出現，還是“公司+菇戶”模式的食用菌產業化的推進，都沒有很好解決千家萬戶的小生產與千變萬化的大市場之間的矛盾。筆者堅持認為，我國已經到了必須通過提高菇農組織化程度來促進菇農增收的階段，加快發展食用菌合作組織是最好的選擇。
由于我國食用菌合作組織起步較晚，各項政策有待于進一步落實，合作社內部管理尚不規范，食用菌龍頭企業和普通菇農共贏的利益格局還未形成。已組建的合作社由于規模小，運轉資金嚴重不足，經營管理人才匱乏。我國食用菌專業合作組織面臨兩大挑戰，一是推動食用菌合作事業健康發展的外部環境沒有形成，二是食用菌合作社內部缺乏具有合作理念的企業家或帶頭人。推動食用菌專業合作組織規范、快速、健康發展，培養造就一批善經營、會管理、懂技術、有奉獻精神的食用菌專業合作社經營管理人才是當務之急。
2007年7月1日，《農民專業合作社法》的頒布實施為農民專業合作社發展提供了堅強的法治保障，真實的講也是我們食用菌行業的福音，也標志著食用菌專業合作組織建設進入依法發展的新階段。但筆者認為，當前我國食用菌合作組織發展中存在以下五大突出問題。
一是只注重發展數量，不注重質量與規模。食用菌專業合作組織在設立初期，只注重了數量，致使合作組織數量驟增，但質量普遍不夠高，規模偏小，有些地方的食用菌專業合作組織存在空殼子、虛架子的現象。二是融資渠道單一，運轉資金嚴重不足。大多數食用菌專業合作組織的個體成員經濟實力弱小，基本上都是白手起家，無力提供充足資金，會員會費繳納寥寥無幾。目前多數食用菌專業合作組織沒有啟動資金，資金短缺使食用菌專業合作組織在擴大規模、實現可持續性發展過程中舉步維艱。三是經營管理人才匱乏，過度依賴政府或龍頭企業。大多數的菇農帶頭人綜合素質不高，適應市場經濟的意識和能力不強，懂技術會管理、市場開拓能力強的復合型人才更缺乏，更談不上運用現代管理技術進行策劃管理，很大程度上制約了食用菌專業合作組織的創新和發展。四是財務制度不健全，財會人員素質普遍偏低。一些食用菌專業合作組織連最基本的股權登記制度都沒有，兼職的財會人員也大多來自普通菇農，他們基本沒有受過系統的專業培訓，不懂會計核算，不懂基本的財經政策法規。五是團體社員壟斷經營管理權現象嚴重，菇戶喪失經營決策權。目前，食用菌專業合作組織雖然也建立了社員大會、理事會、監事會的三方治理結構，但在一些食用菌專業合作組織中專業大戶、龍頭企業擁有產能、技術、資金、管理和信息控制優勢，往往也是食用菌專業合作組織最大的投資者，因此，大多數普通菇戶社員為了換取市場收益，自愿放棄了對食用菌專業合作組織的部分剩余控制權。
針對食用菌合作組織發展過程中存在的問題，食用菌界的有識之士提出加快發展我國食用菌合作組織的對策建議：一是統一思想，強化對加快發展食用菌合作組織的戰略認識。隨著我國食用菌產業化進程的加快，越來越多的生產經營活動單靠分散經營的菇農已遠遠不夠，客觀上需要越來越多的合作組織。建議政府決策層要統一思想，強化對加快發展食用菌合作組織的戰略認識，支持和鼓勵菇農積極參與食用菌合作組織建設中來，提高我國菇農組織化程度。二是突出特色，循序漸進，推進食用菌專業合作組織穩步發展。要堅持從實際出發，因地制宜，循序漸進，合作組織的組織形式、發展速度和發展規模等都要和食用菌生產力水平、經濟發展程度等實際情況相適應。三是必須堅持合作經濟的基本原則，充分尊重菇農的意愿和選擇。始終以菇農為主體，堅持“民辦、民管、民受益”原則，使合作組織真正成為菇農社員所有、社員所控并為社員服務的菇農自助組織。四是建議政府對食用菌合作組織給予必要的支持。加大政府對食用菌合作組織的財政、稅收、信貸支持力度。建立食用菌合作發展基金，用于新型食用菌合作組織建設，支持符合產業政策的合作組織的生產發展、技術推廣、貸款貼息、技術培訓等。五是建議在涉及食用菌專業的科研院校建立專業合作組織培訓學院。針對合作組織開展培訓，包括組織管理、財務管理、市場管理、種菇技術等，這是一條值得探索的途徑和比較務實的道路。參考文獻略（作者MYB轉載請注明來源于易菇論壇）