(—)非菌種質量引起的糾紛。在食用菌生產實踐中，因自然災害或人為因素造成食用菌產量低或無收、菌絲生產緩慢或者徒長、食用菌品質低劣、產量 下降等，這些都屬于非菌種質量事故，主要原因包括：
1.非正常氣候。
食用菌屬農業范疇之內的行業，所以同其農作物一樣有年成之分的，由于非正常氣候引起食用菌發育異常，發生病害加重、早衰、不出菇，表現減產、品質差等現象，這樣的氣候原因包括光照、高溫、高濕、冰雹、干旱、霜凍、雨澇等自然因素。也就是說在很大程度上，點種后的成活率受氣候的影響而有高低比例之分的，收菇耳時有產量和品質之別的，如有過硬的技術是完全可以應對不利的氣候條件的。例如，吉林省某黑木耳生產村種植黑木耳過程中，發現4月份下地的木耳出耳后全部都是大疙瘩耳，耳農們紛紛要求菌種出售單位賠償其經濟損失。而這家菌種出售單位去年同樣的品種缺沒出現這個現象，所以 對此菌種出售單位有無法說清的苦處。這是什么原因呢？這是因為前期溫度偏高，耳芽現的較快，但5月～6月份，吉林省遭遇了長期低溫天氣，耳農仍按歷年的常規方法澆水管理，外界的溫度又太低，滿足不了黑木耳葉片開展所需的溫度條件，而袋內的營養又緩慢輸送，導致了耳片不伸展，形成了大疙瘩，這類現象尤其是朵生菊花狀黑木耳品種較嚴重。這就是氣候所引起的了，是與菌種質量無關的。
2．栽培管理不當。
食用菌的種植成功好壞是要靠有大量的實踐，得與失積累的過硬經驗，而不是靠即時的聰明，“聰明反被聰明誤”的現象還是大有人在的。有些種植戶是去年種植效益好，今年還是同去年一樣進行管理、生扳硬套的公式形的想法，不考慮天氣氣候的變化應改變管理方式，又不同菌種生產單位和行業專家聯系，其中還有部分種植戶光憑個人經驗，無視菌種提供單位的指導，自以為是心態進行管理，而影響菇耳菌棒袋的成活率和產量的高低，造成減產的損失。有些種植戶管成這種情況后，總認為是菌種有問題，而與菌種生產單位產生糾紛，或者強行索賠，甚而法庭相見。菌種生產單位為此深感無奈。栽培技術如菇房消毒、培養料的選擇與配制、滅菌、接種、發菌管理、出菇管理、采收等各方面因素都有可能造成生長不良、減產或品質下降，這就是說良種如果不與良法(栽培管理技術)相配套，也不能發揮良種的潛力。所以，《種子法》規定，向菌種使用者講明主要栽培措施、使用條件的說明作為菌種經營者的法定義務。
3．食用菌病蟲害。
在食用菌生長期間，很有可能遭受病蟲害的危害，其危害程度與外部環境、栽培技術和病蟲防治技術有直接關系，如平菇黃菇病除了品種抗病性稍有區別外，更主要的是出菇期受溫度、濕度、通風不當影響，細菌傳播危害傳染造成的。
(二) 菌種原因引起的糾紛。菌種原因誘發的糾紛，主要包括菌種適應性糾紛、假菌種糾紛、劣菌種糾紛和宣傳欺騙糾紛。
1．菌種適應性糾紛。食用菌菌種在適宜的生態環境下才能正常生長發育，超出適宜區域就不能正常發育。在菌種非適宜地區推廣種植和推廣未審定菌種兩種情況。有些食用菌對氣候反映比較敏感，菌種的種植適宜區非常嚴格，盡管這些菌種通過了審定，但種植在審定公告的推薦種植區域之外，就會加大菌種的適應性風險。另一種情況是，生產使用未審定菌種，應該規避的菌種適應性風險沒有被發現，推廣后表現出難以克服的缺陷，引發糾紛。值得注意的是，如果菌種經營者已向菌種使用者明確告知其適用范圍，而菌種使用者卻偏偏在超出適宜區域外種植，則另當別論。
2．假菌種糾紛。 《菌種法》列舉了兩種假菌種類型：（一）以非菌種冒充菌種；（二）菌種種類、品種、級別與標簽內容不符的。這些假菌種都有可能會給菌種使用者帶來財產損害。
3．劣菌種糾紛。《菌種法》列舉了三種劣菌種類型：（一）質量低于國家規定的種用標準的；（二）質量低于標簽標注指標的；（三）菌種過期、變質的。
生產實踐中，菌種純度不夠或出菇率低，是導致糾紛的主要原因。
4．宣傳欺騙糾紛。菌種經營者夸大宣傳，欺騙菌種的購買者和使用者，誤導菇農，或者不向購種菇農如實提供該菌種的特征特性和栽培要點，甚至隱瞞菌種的主要缺陷，更有甚者虛假承諾。一旦菌種使用者發現食用菌生產情況和收益與菌種經營者的宣傳和承諾的情況相差懸殊，就容易產生糾紛。在菌種生產上，要嚴格地按照科學的配方在材料上進行選擇，切勿因菌種行情不景氣或有利欲薰心的心態而偷工減料，生產出劣質菌種，坑害菇民。(作者MYB轉載請注明來源于易菇論壇)