我國是世界食用菌生產第一大國，在農產品市場中唯一左右全球的也只有食用菌。長期以來，由于我國食用菌產業發展面臨著嚴峻的壓力，食用菌育種目標主要考慮了產量因素，忽視了品質指標，使食用菌單產水平大幅度提高，而品質水平停滯不前。隨著國民經濟的發展和人民生活水平的提高，對食用菌育種工作提出了新的任務和要求，在今后的食用菌育種工作中，不但要培育高產、穩產、抗病蟲害、抗逆的食用菌品種，而且還要求食用菌品質大幅度提高和全面優質化，把改良食用菌品質作為育種工作的重要任務之一。
近年來，我國食用菌品質育種工作取得了巨大成績，但從我國食用菌品質育種工作實踐來看，食用菌品質育種的總體水平與國外相比也存在著差距：一是優質品種不過硬。二是品質測試手段落后。為了提高品質測試效率，近年來許多國家致力于測試儀器和方法的改進，使之向更加微量、快速、準確、自動化、電腦化方向發展。對比之下我們的食用菌科研部門，在這些方面的研究存在較大差距。三是管理體制不健全，沒有真正實行以質論價的政策，還沒有建立一種完善的對食用菌品質狀況的檢測報告管理體制。四是品質育種手段單一，生產上推廣應用的品種大多數還是以常規育種方法育成，采用新技術選育優質品種或對一些優質品系及早、準確的認定還沒有及時跟進。
針對這些問題，食用菌育種單位應根據條件及時把食用菌品質育種納入育種計劃，把品質育種作為食用菌育種的一個重要目標。同時，食用菌育種還應兼顧農藝性狀和產量同步提高。
為此，應有目的、有計劃地重點加強對國外食用菌優質資源的引種工作，并在此基礎上分工協作，對已征集優異種質資源的品種及其他農藝性狀的遺傳與生理特性進行深入研究，準確探明其利用價值，以減少盲目性，為食用菌育種工作提供技術途徑和理論依據。與此同時，有關機構應組織技術力量研究快速、準確、簡便的食用菌品質分析技術和儀器設備的引進、研制和創新問題。
在品質育種的目標下，除傳統的育種途徑外，還需大力開拓育種的新途徑和新技術，包括人工誘變育種、倍性育種、遠緣雜交育種、細胞工程、、基因工程等。
通過科研育種手段培育出優質食用菌的作用是潛在的，其具體的表現還要決定于相應的栽培措施，因而在選育優質食用菌的同時還應加強研究與之相配套的栽培技術。