在菌種質量方面，通過抽檢合格率占47-65%，主要問題體現為總體質量低下，雜菌、長速、不均勻，易出現錯種、批量污染、大幅度減產等不良事故。張金霞研究員指出，大規模生產使用不同廠家菌種可降低菌種風險，同時表示檢測合格不等于優質菌種，合格實質上是最低標準技術制約，本質問題不能檢出，如活力、抗性等。據2007-2010年行業科技項目調查鑒定，20萬噸以上大宗栽培種類具遺傳特異性的品種343個，大量使用的每種當家品種4-6個。香菇大量使用品種為939、武香1、135、慶科20、L808，平菇大量使用品種為99、89、亞光1，黑木耳大量使用品種為黑威29、豐收4、延特3、新科1、黑A，品種問題普遍存在：育種者程序不規范、穩定性差、特征特性欠詳，生產者受利益驅動、隨意冠名、隨意引種串種、種源質量差，栽培者不切實際，需求倒逼隨意冠名，加劇品種混亂。例如平菇99曾有42個同物異名，目前還在增加。 

　　張金霞研究員講到：自2006年《食用菌菌種管理辦法》實施至今，認定品種120個，含27種（變種）。自2009開始進行菌種抽檢，抽檢涵蓋15個省，抽檢食用菌種類15個， 品種320個（次），菌種廠104家（次），抽樣470個。主要存在利潤低，風險大，具備能力的不愿做，不具備能力的大膽做，具有技術支持能力的科研和大專遠銷多已不再出售菌種，為違規生產者提供了市場空間的問題。我國多省處于無人管理狀態，甚至生產省仍未管理，未按要求分級生產，而是購買極少量母種，無限擴繁，1.5-2億袋來自核發生產，占市場總量5-7%，在進出口方面，有法不依，按規定履行程序的很少，特別是進口處于失控狀態，有的經林業部門辦理進口手續。山東、福建、浙江、吉林、黑龍江、上海、北京的省級認定品種總量超過國家認定，認定品種的使用并不普遍，存在隨意冠名更名的現象。