（一）改造和提升傳統食用菌傳統生產模式。一方面，我國食用菌工廠化轉型升級必須依賴于傳統生產模式所形成的技術積累、制造能力、產業組織等基礎支撐。另一方面，在取得重大技術變革的前提下，傳統生產模式也可能演變成工廠化生產模式，成為新一輪經濟增長的重要動力。要積極應用高技術、信息技術和先進適用技術改造提升傳統生產模式。一是圍繞增加品種、改善質量、節能降耗、防治污染和提高勞動生產率，加強食用菌企業技術改造，提升生產水平和設施裝備水平。二是加快對推動食用菌結構升級的共性技術、關鍵技術的研發以及成套集成技術的提升，大幅提高食用菌傳統生產模式的科技含量。三是推動食用菌企業改變“大而全”、“小而全”的傳統生產組織，按照專業化和分工深化的要求，大力發展食用菌工廠化生產方式。
     （二）加快發展食用菌工廠化服務水平。這也是轉型升級的一個方向。要緊緊把握新技術所催生的食用菌工廠化升級趨勢，要加快發展食用菌工廠化專業服務業，為工廠化服務進入市場疏通渠道、搭建平臺。隨著食用菌工廠化優化升級和產業的大發展，亟需大力發展面向食用菌工廠化的服務業。必須圍繞制約食用菌工廠化升級的瓶頸環節，重點發展工廠化設計及研發服務、現代物流、信息服務、軟件業、科技管理咨詢等服務業，為食用菌工廠化轉型升級提供有力支撐。
?。ㄈ┩苿有畔⒒c食用菌工廠化深度融合。當前，信息技術、信息產品、信息資源、信息化標準等信息化要素，已在食用菌產品、裝備、管理、基礎設施、市場環境等各個層面廣泛滲透，催生新的食用菌企業組織形態，“兩化”深度融合已成為食用菌工廠化轉型升級的關鍵環節。一要堅持把信息技術改造提升食用菌工廠化作為“兩化”深度融合的切入點，推動信息技術在食用菌企業各環節的集成應用，加快食用菌工廠化生產模式向數字化、網絡化、智能化、服務化轉變。要深化新一代信息通信技術在交通、能源、物流管理等領域的集成應用，加快基礎實施智能化轉型，為食用菌工廠化發展創造良好的外部環境。
　 （四）推進全國各省、各地差別化發展。我國幅員遼闊，東、中、西部食用菌產業發展情況迥異，處在不同的發展階段。落實食用菌區域發展戰略和主體功能區戰略，各省各地要根據資源稟賦、環境容量、市場需求和產業狀況，有針對性地發展食用菌工廠化，實施差別化發展、錯位發展，防止和避免產品雷同、盲目發展。
    （五）促進大中小食用菌工廠化企業協調發展。近十年來，我國大型食用菌工廠化企業堅持內涵發展與外延發展并重，規模與實力得到提升，經濟效益明顯改善，一批大型食用菌工廠化企業迅速崛起。與此同時，我國中小食用菌工廠化企業迅速成長，一大批優秀食用菌工廠化企業脫穎而出，中小食用菌工廠化企業已成為我國食用菌產業發展的重要力量。但必須認識到，不論是大型食用菌工廠化企業還是食用菌工廠化中小企業，都還存在一些突出問題。比如，缺少真正具有國內外競爭力的食用菌工廠化大企業集團，食用菌工廠化企業在自主創新能力、經營水平、品牌影響力等方面，與發達國家食用菌企業仍存在一定差距。比如，一些食用菌工廠化中小企業自身素質不強，融資難問題突出，服務機構能力不足，企業經營的市場和政策環境亟待改善等。在推動食用菌工廠化大企業發展方面，要高度重視發揮食用菌工廠化大企業在結構調整中的骨干引領作用，提高產業集中度；突出食用菌工廠化大企業在產業網絡中的主導地位，加快形成大、中、小食用菌工廠化企業分工協作的產業體系；支持有條件的食用菌工廠化企業“走出去”，引導食用菌工廠化大企業為中小企業提供技術支持和指導，推動食用菌工廠化中小企業轉型升級。在促進食用菌工廠化中小企業發展方面，加快結構調整，支持技術改造。
     （六）加快推進食用菌產業轉移和產業集聚。隨著全國食用菌產業結構調整升級不斷加快，產業轉移已經成為大趨勢。各省各地在積極承接食用菌產業轉移的同時，也借助食用菌產業園區建設，加快了食用菌產業集聚步伐，同時也出現了一些問題。比如，一些地方政府不注意實際情況，競相提出高優惠政策，盲目引進和承接與當地資源、環境、技術、市場條件不相匹配的食用菌項目。因此，亟需從政府層面，加強食用菌產業轉移指導和服務工作，促進形成食用菌區域協調發展新格局。