上海市農業科學院食用菌研究所成立于1960年，是我國建所最早、學科齊全、綜合技術力量較強的食用菌專業研究所，現有職工60多人，其中有碩博士學歷的人員30多人，已形成食藥用菌遺傳、育種、栽培和深加工等優勢研究領域。近年來我所在我國食用菌未來兩大發展方向上進行了大量的研究工作，在工廠化栽培技術方面，進行了從工廠化專用品種的選育，到配套裁培技術，再到控制系統等關鍵技術的研究；在深加工技術方面，進行了加工專用品種的選育、配套裁培技術和標準化加工技術的研究。我所現有農業部“上海出口食用菌優良菌種標準化繁育中心”；農業部“國家食用菌加工技術研發分中心”；“上海市食用菌工程中心”；“上海市農業遺傳育種重點實驗室微生物分室” 等國家和上海市的科研平臺，配備了國際一流的研究設施和設備。經歷了近五十年的艱苦創業，已承擔部市級項目上百項，獲得國家、農業部和上海市的各種獎項四十余項，在國內外的各類期刊雜志上已發表了學術論文700多篇。我所選育出的優良菌種、研制出的高產優質栽培技術已輻射全國各地，有的甚至還輸出國外。
通過與高等院校的合作，我所已形成了以培養初中級食用菌專業技術人員到以培養碩士、博士生為主的培養體系。與上海市農業科學院信息所合辦的《食用菌學報》（雙語版）、《食用菌》為廣大食用菌界的同仁提供了一個展示和交流科研成果的舞臺。現在我所以與二十多個國家和地區的大學、科研機構建立了密切的合作關系，每年都會進行雙邊的互訪人員交流，我所有一批優秀青年學子從國外學成歸來，在科研中發揮著中流砥柱作用。通過多年爭取，我所于2005年成功地舉辦了我國首個食用菌國際大會—第五屆世界食用菌生物學及產品大會，這次會議為提高我國食用菌領域在國際上的地位發揮了很好的作用。另外我所還承擔了多期科技部、農業部的食藥用菌國際培訓班，為世界各國，特別是第三世界培養上百名食藥用菌的技術骨干。
在科研成果的產業化方面我所也已成功地跨出了一大步，所全資或合資的上海百信食藥用菌科貿有限公司、上海豐科生物科技股份有限公司和上海國森生物科技公司為所的成果轉化提供了廣闊的平臺。
