依托廣東省微生物所的“廣東省菌種保藏與應用重點實驗室”是開放式實驗室，主要從事公益性應用基礎研究工作。在近十年評估中連續四次獲得廣東省優秀重點實驗室稱號，是依托省屬科研機構中唯一一家。

　　“廣東省華南應用微生物重點實驗室——省部共建國家重點實驗室培育基地”2010年獲國家科技部批準成立，并依托廣東省微生物所建設，是第一家廣東省屬科研機構，是國家重要科技創新平臺，對廣東的科技進步起到引領和推動作用。

　　由廣東省微生物所主持的“食品微生物安全快速檢測與控制技術研究”獲得了2010年國家科技進步獎二等獎， “食用菌優質高效大規模生產關鍵技術研究”項目獲得了2007年國家科技進步獎二等獎，這是我國食用菌行業20年來獲得的最高級別的國家獎勵。

　　國家認監委正式批準了廣東省微生物所的生態毒理與環境安全實驗室為符合良好實驗室規范（GLP）實驗室。該實驗室旨在應對歐盟REACH法規實施后對我國廣大化工企業的影響，是華南地區唯一取得國家實驗室認可的生態環境安全檢測與評估實驗室。為廣東乃至華南地區提供化學品生態環境安全性評價服務，主要是在化學品“理化性質測試”、“致突變研究”、“水生和陸生生物的環境毒性研究”以及“生物富集實驗”等方面開展GLP研究，并出具GLP研究報告。目前，國家認監委正式批準的符合良好實驗室規范（GLP）的實驗室僅有兩家，華南地區僅此一家；它也是經農業部批準在華南地區首家可以從事農藥登記環境試驗的單位?？梢哉f該室成為集國家認監委、環保部、農業部等單位認證的“多能型”檢測機構。