二、有機食用菌生產的特殊要求
歐盟、美國和日本都對有機食用菌生產提出了特殊性要求和標準，而且絕大部分內容都是一致的，具體體現在以下幾個方面：
首先，食用菌栽培不是以土壤為生產介質的，因而它不需要經歷從非有機生產到有機生產的轉化過程，這一點與其他農作物是有顯著區別的。開展有機食用菌生產，一般只要在上一個非有機生產周期結束后，做好必要的衛生和準備工作，就可以引入有機生產管理。
其次，食用菌生產是以各種農林廢料(農作物秸桿、木屑等)為主要原料的。發達國家和地區要求栽培有機食用菌的培養料必須絕對來自有機原料。在這里，以兩種世界性栽培的食用菌——雙孢蘑菇和香菇為例加以說明。
1、雙孢蘑菇
歐盟和美國都規定，生產雙孢蘑菇的作物秸桿和動物糞便必須來自有機種植的作物和有機飼養的牲畜，此外還要求作物不得有轉基因成分，牲畜必須以福利方式飼養。考慮到難以獲取足夠的有機原料，歐盟規定，如果經證實，確實無法獲得所需有機原料，占原料總重量(不含水和覆土)25%的培養料可以采用非有機來源的原料。
2、香菇
香菇是以段木或木屑為主要生產原料的。美國、日本和歐盟都規定段木和木屑必須取自無污染的原始森林，而且要保證木頭的運輸、加工過程中不被有毒、有害物質污染。
另外，各國和地區都尚未要求使用有機原料制成的菌種。和其他種植業一樣，有機食用菌生產過程中不允許使用農藥和消毒試劑。各國一致推薦使用蒸汽對菇房進行消毒，注意保持環境衛生，采用物理和生物的方法進行病蟲害綜合防治。使用過的有機食用菌培養料是寶貴的可再利用資源。通常情況下，使用過的有機培養料應運送到有機農場加工成有機肥料。
對于在某個食用菌農場里同時存在有機生產和非有機生產的情形，各國和地區都要求有機生產和非有機生產必須進行永久性隔離。而且，為防止交叉污染，有機生產和非有機生產之間相互轉化通常也是不允許的。
