1、菌絲表面出現"菌凍"。發菌期間，平菇菌叢的生長和其它微生物的繁殖產生熱量，使料溫和環境溫度形成溫差，這個溫差使膜內菌塊表面的水蒸氣逐漸凝結成水珠，培養袋兩端通氣不暢，水分來不及蒸發，聚集在菌袋的下凹處，形成隔氧層，時間一長，受害的菌絲處會因缺氧和淹漬而自溶死亡。生產中應注意經常倒袋，通風及培養袋扎孔增氧。
　　2、培養料變酸發臭。如果培養料不夠新鮮干凈，帶有大量雜菌，在消毒滅菌不徹底的情況下，料內的各類真菌和細菌大量繁殖孳生，使培養料酸敗，產生酸臭味。因此，應注意配制培養料前對培養原料進行殺菌消毒，通常將主料置日照下，曝曬幾天。
　　3、部分料袋只有一端菌絲發育較好。滅菌鍋水裝太多，部分袋進水，使袋內過濕，影響菌絲生長。或袋口扎得太緊，造成氧氣不足，使菌絲生長受阻。通風倒袋是解決的主要方法，具塞式扎口法也是行之有效的措施。
　　4、菌絲滿袋后遲遲不出菇。菌種的溫度類型選擇不當。若采用中、低溫型平菇品種，如果在春末夏初播種，菌絲長滿袋后，正好是夏季高溫季節，就難以出菇。此外，還可能培養料的碳氮比不適宜。第三，在母種擴大培養接種時，氣生菌絲挑得過多，使原種、栽培種產生結塊，嚴重影響子實體形成。第四，菌絲長滿袋后，在溫度較高、空氣相對濕度較低的情況下，過早地打開袋口，使表面形成一層干燥的厚菌膜，菌蕾不能分化。
　　5、播種后菌絲不吃料、不發菌。培養料保存過久，已發霉變質；菌種轉代次數過多，培養條件不良，生命力降低；播種時，消毒藥量過多，熏蒸時間過長，殺傷了菌種；培養料含水量過多太濕，裝袋時太緊太實，滿足不了菌絲呼吸對氧的要求；培養溫度過低或過高；培養料堿性太大；接種量太少。
　　6、菌絲未滿袋出菇。菌絲培養階段環境條件不適宜，培養基內營養成分差，光線過強，溫差較大，酸堿度不適宜等都會造成提早出菇。