大棚在使用前，必須進行消毒。消毒所用藥物，要因棚、因病蟲害種類而異。在消毒程序上應抓住以下幾個方面：

一、消毒時間：應在播種或定植前7至10天。每立方米用硫磺4克、鋸末8克混勻，放在容器內燃燒，時間宜在晚上7時左右進行，熏煙密閉24小時。也可以按每立方米用25%百菌清1克、鋸末8克混勻，點燃熏煙消毒。

二、工具、設備、棚架等消毒：多用1：(50一100)的福爾馬林水溶液洗刷或噴灑。

三、土壤消毒：要根據大棚土壤的病蟲種類選用農藥，在定植前10至15天進行。枯萎病發生嚴重的大棚，可向壟溝或地面噴澆100至200倍福爾馬林液，然后用薄膜覆蓋5天，半月后藥劑全部揮發完畢，即可播種和定植。其它病害可用50%多菌靈、50%托布津或70%敵克松1000倍液噴灑土壤，或拌成毒土撒布后翻入土中。有地下害蟲的大棚，可以在土壤處理時加一定數量的殺蟲劑。