(一)孢子的采收與培養：采集孢子用孢子采集較好、分離對象應選取適于本地區生長的優良品系。在第一第二潮菇中、選擇生長正常、出菇整齊、無病蟲害、菇形圓整、白色、蓋厚、柄粗的單生感作種菇，采下的種菇切去根部，置無菌箱內，浸入0.1%升汞溶滾中消毒的1分鐘，用無菌水沖洗，再用無菌紗布吸干表面水分，然后插入孢子收集器的三角架上，蓋上有孔鐘罩，置22~24℃下培養。待培養皿內呈咖啡色時， 用無菌水稀釋， 用無菌注射針管吸取孢子液，在每支PDA培養基試管中滴入1~2滴，置24℃下培養9~12天，可見呈星芒狀的菌落長出，即為蘑菇菌絲。
      (二)單菌落的挑選；由孢子萌發的菌落，當肉眼可見時即需挑出，移至斜面培養基上，待菌落長到蠶豆大小時進行選擇。蘑菇菌絲有氣生型與匍匐型兩類。氣生型菌落，選菌絲尖端生長挺直，生長勢強，分支清晰，基內菌絲旺盛且長得深的菌落。挑選出的菌種在20~22攝氏度繼續培養，然后分管，待菌絲長到斜面的1/2時，任取兩支作高溫試驗，放35℃下24小時，然后再放回到正常溫度下培養，觀察菌絲恢復生長情況，以依復生長快、倒伏發黃少的為好。待菌絲發滿試管斜面后即可使用。在作高溫試驗的同時，取一部分菌種接人原種瓶中，以培養料轉紅棕色，菌絲尖端生長挺直粗壯、排列稀疏與清晰、呈扇形生長，長勢強，培養料具蘑菇特有的香味者為好。匍匐型菌落，以白色絨毛狀較好。用作大面積生產的菌種，除在母種、原種中作觀察選擇外，還必須做出菇鑒定，應選擇吃料轉色快、穿土性能強、出菇轉潮快、產量高、品質優的做菌種。
      (三)原種、栽培種的制作：①糞草培養基——麥草菌種：取干麥草25千克、干糞25千克、石膏粉0.5千克，加水適量，進行堆制發酵，曬干備用。制種時，將發酵過的麥草切成長3厘米左右，取50千克草加石膏0.5千克，水80~90升(含水量65%~68%)，充分拌合，就地堆放1~2小時，讓水透入料內后即可裝瓶。裝瓶時，用錐形木棒在料中央打1個洞直至接近瓶底。料裝好后，塞上棉塞，進行滅菌。接原種是挑母種菌絲1小塊，連同培養基放入糞草培養料瓶內，一般1支母種可接4~5瓶原種；接栽培種是用糞草原種作菌種，接入糞草或其他培養基中，一般1瓶原種可接50~60瓶栽培種。菌種接好后，置溫度22~25℃、濕度65%左右中培養。②谷粒培養基一—谷粒菌種：取飽滿小麥10千克，洗凈，加水15升，煮沸15分鐘。攤開晾涼。制種時取熟麥粒10千克，加石膏135克、碳酸鈣35克，拌勻后裝瓶、滅菌、冷卻后接種，25℃左右培養。在培養過程中要經常搖動菌種瓶。③河泥牛糞培養基—河泥菌種：將濕河泥與經粉碎的干牛糞以1：1(體積比)混合，堆成饅頭狀自然發酵1周，然后攤開曬干。制種時用2%石灰清水拌料，含水量以手捏成，甩下能散開為宜，酸堿度調節到pH9，然后裝瓶滅菌，冷卻后接種、培養礱糠、河泥、豬牛糞培養基―一礱糠菌種：將河泥與豬牛糞按1：(體積比)混合堆積發酵，同時將若糠與豬牛糞也按1：1混合堆積發.然后再將兩種發酵后的料按1：1混合。調節濕度和pH值至9，滅菌，冷卻后接種培養。