近年來，連云港市連云區委、區政府著力引導產業升級，促進一產與二三產業融合發展，大力推擠食用菌工廠化生產，堅持規模化種植、標準化生產、集約化經營、市場化運作，使該區食用菌生產水平由初期自由式發展、粗放式管理到現在的集約化、工廠化生產，走出一條具有連云特色的農業產業化發展新路子。
　　連云區食用菌工廠化生產始于2008年，目前已有連云港國盛生物科技有限公司和江蘇駿都生物科技有限公司兩家企業建成投產。國盛生物科技有限公司是杏鮑菇工廠化生產企業，占地63畝，總投資6800萬元，目前一、二期工程已完成投產，投資4500萬元，年產杏鮑菇鮮品8000噸。駿都生物科技有限公司是真姬菇（又名蟹味菇）工廠化生產企業，占地60畝，項目總投資1.1億元，一期工程2010年3月開工，投資4000萬元， 2010年9月完成并投產，年產真姬菇3000噸。目前連云區工廠化生產食用菌處于省、市領先水平。
　　生長這些食用菌所需的‘土壤’，主要是用秸稈、米糠、玉米芯、玉米粉等農作物下腳料制作而成的。這些農作物下腳料均來自企業周邊500多農戶，兩企業一年的秸稈利用量就達到2萬噸。據了解，國盛生物科技有限公司采摘完蘑菇后，留下的菌糠，通過挖瓶機挖出后作為鍋爐燃燒的燃料，該做法得到環保部門肯定。駿都生物科技有限公司采摘完蘑菇后，留下的菌糠成為有機肥的主要原料，通過高溫發酵提取，配以一定比例的無機養分及各種微量元素，加工成有機肥，成為大棚蔬菜的專用肥料。這樣的做法得到了國家發改委的肯定，給予了政策和資金等扶持。