我國是絕大多數食用菌栽培的發祥地，近年來，我國食用菌產業迅猛發展，全國食用菌產量已占世界總產量的65％，居世界首位；全國食用菌產值在種植業中僅次于糧、棉、油、果、菜，居第六位。雖然目前我國已成為世界食用菌最大的生產國和出口國，但還存在產品附加值低、生產工藝落后、食品添加劑等問題，主要原因還是沒有相關的行業標準。生產模式落后期待標準推動目前食用菌行業存在的問題主要表現在以下幾個方面：
     生產加工模式落后。國內大部分食用菌的生產基本上分散在千家萬戶，由菇農種植，規模小、條件差、科技含量低，生產技術很難規范，產品質量難以保證，阻礙了食用菌產業的進一步發展。有產業、有產量但未形成規?；a的骨干企業、龍頭企業太少。種植戶所采用的菌種質量較差。由于受價格等因素影響，大量菌種存在菌種混雜、老化、退化和低劣的問題，加上菌種管理上的混亂，嚴重影響了該產業向優質、高產和高效的方向發展。
     生產加工處于初級階段。食用菌產品多為初級品、原料性、大包裝產品，產品附加值低。產品生產工藝落后，僅有少部分企業正在向工業化、專業化、規?；~進。產品的生產仍以主產地區域性集中生產為主，企業分布也相對集中。而不同企業的生產能力、生產工藝、工人素質、檢驗手段、質量意識差異很大。質量問題多多呼喚標準規范通過多次對食用菌的國家監督抽查，發現目前國內食用菌普遍存在以下質量問題。
     二氧化硫殘留超標。主要表現在銀耳和保鮮食用菌上。為保證銀耳顏色潔白，很多生產者采用硫磺反復熏蒸，導致大部分銀耳產品不合格。目前市場上銷售的保鮮產品多是企業從種菇農戶處收購，經清洗、分撿、包裝等工序后擺上老百姓餐桌的。然而部分農戶為保鮮，將采摘后的菇類浸泡在亞硫酸鹽溶液中，以達到防腐、保鮮、增色的作用。在ＧＢ2760―1996食品添加劑使用衛生標準中規定，在食品加工中允許使用的漂白劑有二氧化硫、焦亞硫酸鈉、焦亞硫酸鉀、亞硫酸鈉、低亞硫酸鈉、亞硫酸氫鈉、硫磺，但在產品中的殘留量不能超過標準規定值。產品不合格主要是生產企業忽視了對原材料的入廠檢驗，收購回來的半成品未經檢驗，直接加工、包裝、銷售造成的。
     如果加工過程中沒有控制好漂白劑使用量，就有可能造成二氧化硫殘留量超標，食用后對人體的危害就難以避免。
     違規超量和隨意使用食品添加劑。近年來在食品中違規使用食品添加劑的現象十分嚴重。在保鮮食用菌中是不允使用苯甲酸和山梨酸的，但目前仍有一些保鮮食用菌在使用。在日常生活中消費者將所購的保鮮食用菌不經浸泡洗滌，直接加工食用，當過多食用含有苯甲酸的產品后，會導致肝功能損傷，解毒能力降低，導致肝臟病變，還會造成人體維生素缺乏。
     黑木耳的干濕不合格占不合格產品的五成。干濕比是判定黑木耳干制品質量優劣、是否摻雜使假的一項重要指標。在ＧＢ／Ｔ6192－1986黑木耳國家標準中規定，一級產品的干濕比在1∶15以上，二級產品在1∶14以上，三級產品在1∶12以上，這是標準規定的最低指標。目前市場上有很多黑木耳產品是不法分子將收購的優質產品與食用膠、色素等同煮后烘干的做法，使耳片色澤更黑、質地更厚，同時增加了木耳本身的重量，使1ｋｇ的產品加工后就會成為2ｋｇ，甚至更多。更有甚者，以低價收購已發霉變質的劣質黑木耳，加工后欺騙消費者。
     水分超出國家食用菌衛生標準要求。在食用菌衛生標準中規定，每百克產品水分應小于等于12克。市場上大多數食用菌價格較高，一些生產者為獲取利潤，增加產品的水分，這樣做極易導致產品腐敗變質，危害消費者身體健康。技術水平低下急需標準促進造成以上質量問題的原因主要是―――
     企業經營者自律意識差，法制觀念淡薄。部分企業的管理者，不是采用提高產品的科技含量和服務水平去開拓和占領市場，而是投機取巧，制造假冒偽劣產品，而且這種行為常伴有區域性和生產企業相對集中的特點。這種短視的行為既不利于企業資本的積累，也不利于企業經營的可持續性發展。在損害消費者利益的同時，也損害了行業的整體形象和企業的長遠利益。
     企業管理水平低，工藝、設備落后。傳統的食用菌干制工藝，有難以克服的缺點和難以控制的因素。首先是干燥緩慢，難以制成品質優良的產品；其次是會受到氣候條件的限制，產品常會因陰雨季節無法曬干而腐敗變質；還容易受到灰塵、雜質、昆蟲等污染，既不衛生，又有消耗。許多不合格產品生產企業的工藝設備陳舊，甚至在不具備生產條件的情況下，向別的企業學來不正規的工藝配方，加工劣質產品。
     沒有檢測手段，對原料及成品不能進行檢測，產品質量很難保證。在鮮食用菌加工中為防止產品霉變、生蟲子，經常用亞硫酸鹽對產品進行浸泡，以破壞產品中酶的活性，防止產品顏色發生褐變。由于大多數企業沒有檢測手段，對原料及成品不能進行質量控制，對成品中二氧化硫殘留量不能進行質量檢測，產品質量很難保證。
     缺乏必要的技術人員，從業人員素質低。大多數生產企業規模較小，企業管理不正規，缺乏必要的技術人員，從業人員普遍素質較低，且流動性強。不了解食品生產企業的要求，缺乏食品加工的基礎知識，企業人員素質直接影響到產品質量的優劣。
     缺乏有效行業性的管理。食用菌產業主要分布在農村，中國有2000萬農民在從事食用菌種植，但由于整體素質較低，生產水平有限，現代農業根本無法在食用菌生產中體現。此外，由于食用菌屬于無性繁殖，所以幾乎任何一個懂接種的人都可以進行食用菌的制種，造成食用菌制種混亂。普通消費者對產品質量優劣的認知程度有限，使得一些不合格產品魚目混珠在市場上銷售得很好，引來一些企業紛紛效仿，使產品質量很難提高。
     造成當下狀況的主要原因還是沒有相關的行業標準。雖說農業部制定了一些標準，但針對各個不同菇類的標準卻很少。食用菌不像玉米、小麥等作物有遺傳性狀，所以一個新品種出來后，很快就會被人制種，并作為新品種進行小范圍推廣。由于沒有相關的標準，也就無從談及品種保護，只有任其被隨意制種。