菌棒腐爛多發生在栽培年數較長的老菇區，其根本原因是競爭性雜菌入侵感染，故一切誘發雜菌入侵感染的因素都會導致菌棒腐爛，歸納起來有以下幾個方面。
　　（1）栽培品種抗逆力減弱：抗逆力減弱是品種種性退化的一種表現，這是菌棒腐爛的內因。一些品種種植多年，種性退化，菌絲生命力減弱，對環境適應能力差，抗雜菌入侵能力下降，競爭性雜菌就能乘虛而入，引起菌棒腐爛。
　　（2）栽培環境惡劣：栽培環境惡劣導致菌絲生長受阻、抗逆性減弱或衰老死亡、自溶而引起菌棒腐爛。夏季高溫、通風不良、消毒藥品使用不當、原材料變質等因素也能誘發腐爛。
　　（3）蟲害傷害：菇類害蟲從通氣孔進入菌棒生長繁殖，直接咬食菌絲體，菌絲體受傷后形成局部高溫、高營養環境，使競爭性雜菌入侵感染，形成蟲菌交叉感染，導致菌棒腐爛。老菇區蟲口密度高，為害重，爛棒也相對較為嚴重。
　　（4）刺孔損傷：栽培過程中刺孔通氣操作不當，刺孔器械（鐵釘、竹簽等）直接刺傷菌絲，導致雜菌入侵感染而發生腐爛。
　　（5）藥害損傷菌絲或子實體對多數農藥都很敏感，易造成藥害損傷。結果雖治了害蟲卻傷了菌絲，菌棒依然腐爛。
　　此外，還有因頑固性寄生菌或病毒直接入侵或干擾，而引起菌棒腐爛的情況。
　　2．菌棒腐爛的防治
　　菌棒腐爛的防治應以預防為主，治療為輔，并貫徹于整個栽培管理過程。
　　(1)選用優良品種，對退化品種進行提純復壯。
　　(2)嚴格按照食用菌栽培技術規程進行栽培管理
　　①合理布局品種。依照當地的氣候特點，選擇適宜的品種。
　　②搞好栽培場地和環境的衛生，上年度廢菌棒要及時清理；老菇場要噴灑殺菌殺蟲劑，減少雜菌污染源，降低蟲口密度。
　　③嚴格控制消毒藥品的用量。目前市面上消毒藥品含有的有效成份都是相同的，用量以每立方米3-4克為佳，切勿超過6克。
　　④接種口用蠟或膠帶封口，杜絕蟲、菌從接種口入侵菌棒。
　　⑤刺孔通氣要規范操作，鐵釘直徑要小于2毫米，孔深1-1．5厘米，選晴天刺孔，不在瘤狀物處刺孔。
　　⑥合理治蟲防病。選用高效、無副作用、無毒、藥效長的菇類專用殺蟲劑"菇蟲凈"在第一次刺孔后噴灑一次，隔兩個月后再噴一次，就能有效地防治蟲害，切不可使用敵敵畏等不宜在食用菌上使用的殺蟲劑。
　　(3)及時對爛棒進行治療：發現菌棒腐爛現象后，要及時將爛棒揀出另行堆放，以免菌棒間交互感染，并進行下述治療處理：
　　①用干凈刀片切除腐爛部分，用克霉靈等殺菌劑擦洗病斑切口處和薄膜，然后將薄膜復回，用膠帶封死，防止失水和蟲、菌再次入侵。這一操作最好在無菌條件下完成。
　　②在發菌初期開始爛棒的，應果斷進行再次菌棒消毒接種(重做)。