靈芝作為法定藥材，收載在中華人民共和國藥典2010年版一部，記載如下：靈芝Lingzhi GANODERMA，本品為多孔菌科真菌赤芝Ganoderma lucidum(Leyss.ex Fr.)Karst或紫芝Ganoderma sinense Zhao，Xu et Zhang的干燥子實體。
也就是說：靈芝是屬于多孔菌科真菌。本文就靈芝科屬歸類查閱有關文獻。“中國藥典”把靈芝歸為多孔菌科來源于一九七五年版的中藥大辭典。江蘇新醫(yī)學院《中藥大辭典》編寫組上海科學技術出版社，上面是這樣描述的：靈芝草，為多孔菌科植物紫芝或赤芝的全株：原植物紫芝Ganoderma japonicum(Fr.)Lioyd，赤芝Ganoderma lucidum(Leyss.ex Fr.)Karst，其中赤芝拉丁學名一字不變，紫芝學名后面有差異，而更為突出的是七五年生物分類學仍是二界，即靈芝草歸為植物類，而2000年版藥典已是作為真菌類，這是科學進步所然；作為藥典，隨著生物分類的科學性客觀和嚴謹性，現(xiàn)代生物分類已分為八界了，真菌在分類學中的地位也隨著科學技術進步而確立，而發(fā)展成為獨立界-真菌界。我們簡單回顧一下生物學的分類歷史：
1735年建立的古老的林奈兩界系統(tǒng)中，真菌屬于植物界真菌門。從林奈時代直到20世紀50年代，200多年間一直被沿用。
Hogg和Haeckel先后在1860年和1866年建立一個由低等生物組成的第三界-原生生物界。這個三界系統(tǒng)把生物劃分為原生生物界、植物界和動物界。原生生物界包括所有的單細胞生物、藻類、原生動物和真菌。
Copeland在1938-1956年期間，進一步把“無核類細胞”分出獨立為界，建立一個四界分類系統(tǒng)，即菌界（細菌和藍藻），原生生物界（真菌和一部分藻類）、植物界和動物界。
1959年WittaKer采用了另一種四界分類，原生生物界（細菌、藍藻、原生動物）、真菌界、植物界（包括綠藻和紅藻）和動物界。10年后，即1969年WittaKer又把四界系統(tǒng)發(fā)展為五界系統(tǒng)，包括原核生物界、原生生物界、植物界、真菌界、動物界。這是一個比較完整的縱橫統(tǒng)一的系統(tǒng)，在縱的方面顯示了生物進化的三大階段：無細胞生物→原核單胞生物→真核（單胞→多胞）生物。在橫的方面顯示了生物演化的三大方向，即光合作用的植物，吸收營養(yǎng)的真菌和攝食的動物。目前這個系統(tǒng)已經(jīng)在生物學和真菌學的教科書中被普通采用。
近年來，由于分子生物學技術的發(fā)展，分類學家們將rRNA的堿基序列用于系統(tǒng)發(fā)育的分析中，1977年首先由Woset和Fox提出整個生物界劃分為細菌、古菌及真核生物三大超界，其后，出現(xiàn)了生物八界系統(tǒng)（Cavalier-Smith，1988～1989年），這反映了當前人們的認識水平。生物八界系統(tǒng)是在生物界級水平上追求系統(tǒng)的自然性、減少人為性的體現(xiàn)，更為科學和客觀。
靈芝在1996年由Alexopoulos等學者所建立的真菌分類系統(tǒng)中是屬于菌物界（Fungi）、擔子菌門（Basidiomycota）、層菌綱（Hymenomycetes）、非褶菌目（Aphyllophorales）、靈芝科（Ganodermataceae）、靈芝屬（Ganoderma）的生物。屬名Ganoderma是1881年由Karsten學者根據(jù)表皮有漆光的子實體而命名，并以Ganoderma lucidum為本屬的代表種。
按此系統(tǒng)分類，靈芝不是多孔菌科（Polyporaceae），明顯與藥典的多孔菌科有別。
由于藥典的權威性和法律地位，從1975年至在2013年12月以前，幾乎有關藥食兩用的靈芝論文、書刊、雜志等均把靈芝歸為多孔菌科。
由于科學技術進步以及從分子水平上，分類學家將rRNA的堿基序列用于類別分析。生物分類學家Wittaker的真菌界實際上只有壺菌、接合菌門、子囊菌、擔子菌和半知菌類，它們在親緣關系上被認為是一元的單親類菌（monopolyletic group）。
藥食用真菌的分類是從真菌的形態(tài)學、細胞學、生理學和生態(tài)學等特征為依據(jù)，特別是從有性繁殖階段的形態(tài)特征包括超微結構（分子級水平）為主要依據(jù)。
根據(jù)國際上公認的一些合理的分類系統(tǒng)給每種真菌命名。藥食用真菌以大型真菌為主，分布于2個亞門，它們是子囊菌亞門、擔子菌亞門，6綱、21目、50科、122屬、380多種，而赤芝和紫芝正是根據(jù)此系統(tǒng)歸類的（見前面所述）。
中國藥典2010年版一部仍是采用舊的分類系統(tǒng)歸類，此文目的是建議下次修訂的一部，靈芝的學名應采用本文前述的建議，靈芝與其他多孔菌科最大的區(qū)別在于其孢子是具有雙層壁，外壁透明，內(nèi)壁黃褐色且多具有疣狀小刺，靈芝的子實體因具有假漆狀分泌物，所以有光亮的表皮。也希望各位專家、學者，尤其是生物分類學者給本文更多的建議和指正。
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