貴州作為全國典型的喀斯特山區省份，生態類型多樣，生物多樣性突出，食用菌資源及類型豐富。為充分利用我省食用菌資源與氣候生態環境，加強食用菌基礎及應用研究，“十一五”期間，院成立了食用菌研究團隊，食用菌科技支撐及平臺建設和基礎研究躍上新臺階。
近年來，食用菌研究團隊在國家科技支撐、星火計劃、科技富民強縣專項、省農業攻關和省優秀青年科技人才計劃等項目支持下，圍繞竹蓀、姬松茸、大球蓋菇和灰樹花等優良菌株選育和配套栽培技術開展研究。迄今，共收集大型真菌紅托竹蓀、白鬼筆(冬蓀）、蘑菇屬真菌、姬松茸等資源1000多份，發現貴州蘑菇屬真菌3個新種、3個新記錄種，集成竹蓀發酵菌棒栽培技術和白鬼筆高產栽培技術，形成了一支博士2人、碩士6人、研究員1人、副研究員4人、貴州省優秀青年科技人才培養對象1人的食用菌人才隊伍；發表SCI 等論文41篇，獲發明專利5個。
食用菌團隊在強化基礎研究的同時，注重科技支撐產業服務，將集成熟化的冬蓀高產栽培技術、紅托竹蓀發酵栽培技術、姬松茸高產栽培技術、姬松茸和大球蓋菇接茬模式等技術在大方、百里杜鵑、義龍新區、赫章、清鎮等縣（市、區）現代高效農業示范園區示范和大面積推廣，取得了顯著的社會經濟效益。
為深化科技體制改革，貫徹落實省深化科技體制改革專題組“八條措施”，探索科技成果轉化及產業化服務的體制機制，有效激發科技人員創新創業活力，促進科學研究與經濟發展的有效耦合，食用菌團隊攜帶科技成果，發揮人才優勢，入駐義龍新區珍稀食用菌園區，指導園區姬松茸全產業鏈發展。
“十一五”以來，院食用菌團隊強化與國內科研院所、高校、企業合作與交流，推進貴州食用菌產業發展科技支撐能力提升。一是與國家食用菌工程技術研究中心合作，在義龍新區共建“國家食用菌工程技術研究中心貴州研發基地”，進一步強化食用菌研發平臺；二是組織全省相關領域專家和企業，成立“貴州省微生物學會食藥用菌專業委員會”，建立“貴州食藥用菌產業信息網”，組織開展全省食用菌產業考察并形成調研報告，引領食用菌產業健康可持續發展。
