“十五”期間，為大力調整農業產業結構，提高農產品加工轉化能力和附加值，增強我國農產品的國際競爭力，促進農村經濟與社會的可持續發展，并從根本上緩解“三農”問題，科技部聯合農業部、教育部、國家糧食局、國家林業局、中華全國供銷總社和國家質檢總局等有關部門啟動了“農產品深加工技術與設備研究開發” 重大科技專項。通過“十五”攻關，這項重大科技專項已經取得累累碩果，我國農產品加工技術與國際先進水平的差距全面縮小，部分領域接近國際先進水平，個別領域已達到國際領先水平。這是我國農產品加工業在科技領域的一次跨越式發展和戰略性轉變。
“農產品深加工技術與設備研究開發”重大科技專項重點圍繞大宗糧油、果蔬、畜產品、林產品等主要農產品開展研究與開發。以實現主要農產品深加工在共性關鍵技術與設備等方面的重大突破，構建我國主要農產品深加工的標準與全程質量控制體系，研制開發農產品快速檢測技術與儀器，為全面提升我國農產品加工產業的技術水平和科技創新能力提供科技支撐。
這是新中國成立以來，我國在農產品加工研究領域投入力度最大、研究面最廣最深、涉及學科最寬、參與科技人員最多、技術集成度和產業化程度最高、帶動和示范效應最明顯的一項系統工程。這里還有科技重大專項執行模式的一個創新，專項資金到位總額為12.2億元，其中企業自籌資金達9.45億元，企業已成為科技投資的主體。專項通過招投標方式，以農產品加工龍頭企業為主體、高等院校和科研院所共同承擔科技攻關。直接參加單位共計82家，其中企業（上市公司12 家）35家，大專院校22所，研究院、所25個，直接參加的研究人員1600多人。
截至2005年底，“農產品深加工技術與設備研究開發”重大科技專項，共獲得新產品295項，新技術、新工藝、新設備216項；鑒定成果138項；科技獎勵53項；授權國家發明專利29項，授權實用新型專利28項，另外還有141項發明專利和19項實用新型專利正在受理；軟著作權3項；已頒布實施標準138項，另外還有40項標準正在受理中；商品化成果208項；建立生產示范線125條；篩選出適合加工的專用品種60個，建立專用加工品種原料生產基地928.7萬畝；培養博士（后）143名，碩士研究生313名，企業技術骨干300多名、高級管理人員100多人。實現新增產值291.5億元，新增利稅30.2億元，出口創匯5.02億美元，獲綜合經濟效益185.2億元，帶動農民直接增收54.3億元。
通過“十五”攻關，我國農產品加工研究領域獲得三方面重大成果：構建并完善了我國主要農產品深加工的標準與全程質量控制體，在農產品快速檢測技術與儀器研究開發和農產品加工業技術創新支撐體系建設等研究領域也取得了突破性進展，為全面提升我國農產品加工產業的技術水平和科技創新能力提供了科技支撐。攻克了膜分離技術、物性修飾技術、無菌冷灌裝技術、冷榨技術、濃縮技術、冷鏈技術等一批農產品深加工關鍵技術難題，開發出冷卻肉、大豆分離蛋白、濃縮蘋果汁等一批在國內外市場具有較大潛力和較高市場占有率的名牌產品。建設了一批科技創新基地和產業化示范生產線，培育了一批具有較強創新能力的農產品深加工企業和科學家隊伍，儲備了一批具有發展潛力和市場前景的技術。
現在，我國農產品加工業的增加值已突破1.1萬億元，約占國民經濟GDP的8% 。我國以食品加工為主體的農產品加工產業體系已初步形成，農產品加工業已成為國民經濟的支柱產業。
