食用菌是商州的傳統特色優勢產業，2011年，全區共種植食用菌850萬袋，年產值7000萬元。但在食(藥)用菌育種、生產、加工等方面技術還比較落后。市內也沒有一家高科技育種基地，全市六縣一區所需菌種多從河南西峽、湖北等地外購。由于長途運輸成本高、菌種質量受影響、抗雜能力弱、發菌成功率不高、且不能保證生產計劃，導致食用菌單產數量不高，產品質量參差不齊，生產效益較低，產業發展滯后。陜西農產品加工技術研究院成立于2007年，是經省政府批準，專門從事農產品加工技術開發的科研經濟實體，在現代農產品加工、輕工技術、機電、化工、材料制備等方面擁有300項先進技術成果。商洛市德潤農產品綜合開發有限公司成立于2005年，公司旗下現擁有多個食用菌生產基地，2011年栽培食用菌20萬袋，銷售額達120萬元，實現利潤40余萬元。雙方商定，將以香菇、平菇、金針菇、木耳等食用菌為主導，同時大力開發生產天麻、豬苓、桑黃菌等藥用菌。目前，雙方已正式投入資金，開始進行基地建設，預計10月份可建成投產。