有人說，蘑菇具有酸甜苦辣咸之外的第六種味道——鮮味。因此，當它與別的食物一起混合烹飪時，是很好的“美味補給”。在國際烹飪大師屈浩和中國中醫科學院西苑醫院教授楊力看來，為發揮每種菌類的優勢，不妨使用不同烹調方法。
香菇，味道重，比較適合燒、油燜，比如在熱油里放入蔥姜，翻炒3分鐘左右，或者在清蒸魚里面配香菇。草菇主要是爆炒，在爆炒過程中，維生素C等不容易被破壞，而且草菇吃著口感很好，適于做湯或素炒。金針菇味道鮮美，是拌涼菜和火鍋配料的上選，但最好煮6分鐘以上，否則容易中毒，脾胃虛寒者也不宜吃太多。口蘑味道較清淡，煲湯最好。味道甜的茶樹菇、杏鮑菇、袖珍菇等最適合炒制。猴頭菇宜用高溫、旺火燒煮。但總的來說，菌類最好還是以清炒或清燉方法為主，才不失蘑菇的原汁原味。
與其他食材巧妙搭配，蘑菇還具有不同的療效。楊力介紹說，香菇、金針菇、平菇可燉肉或燉雞吃，能夠益氣補氣，增加抵抗力；做松蘑、猴頭菇時，不妨放一點肉燒湯喝，不僅味道鮮美，還能起到抗衰老，延年益壽的作用；金針菇燉鯽魚可以健腦；竹蓀具有防腐功效，燉肉時如果怕吃不完，可以放一點竹蓀，放在冰箱里不會變壞。
此外，做菜時，盡可能把蘑菇切得小一點，因為它的纖維素不僅不好消化，而且還會影響消化液進入其它食物。但是蘑菇浸出物、游離氨基酸和芳香物質卻能增進食欲，促使胃液分泌，從而有利于更好地吸收其它食物。
