1、高腳菇菌蓋小，分化較差，菇柄較長。發生的原因是原基形成及分化期，菇房缺氧，光照不足，同時溫度偏高，影響了菌蓋的正常分化和發育。防治方法：加強通風，調節光照和溫度。　　

　　2、瘤蓋菇菌蓋表現，主要是邊緣有許多顆粒狀突起、色淺，菇蓋僵硬，生長遲緩，嚴重時菇蓋分化較差，形狀不規則，原因是菇體發育溫度過低，持續時間較長，致使內外層細胞生長失調。防治方法：調節菇房溫度在平菇生長最低溫界限以上，并有一定溫差，促進菇體生長、發育、分化。　　

　　3、菜花菇菇形象菜花，多分枝，初期原基呈蛋形，膨大、隆起、不分化。后期有多分枝。原因是出菇前或出菇期間菇床或菇房噴灑了高濃度的農藥，尤其是“敵敵畏”，幼菇極敏感最易引起這種病害。也可能是菇房含有其他有害氣體：如二氧化碳濃度過高、燃煤釋放二氧化硫等。防治方法：菇房慎用農藥，使用時濃度不可過高。尤其出菇期絕對不允許使用敵敵畏，加強通風換氣、排出有害氣體。　　

　　4、萎縮菇菇體初期正常，在膨大期即泛黃、水腫狀或干縮狀，而停止生長，最后變軟腐爛。水腫狀原因是濕度過大或有較多的水直接噴在幼小菇體上，使菇組織吸水，影響呼吸及代謝而停止生長死亡。干縮狀是因為空氣相對濕度較小，通風過強，風直接吹在菇體上，使平菇失水而死亡。或者培養基營養失調，形成大量原基后，有部分迅速生長，其余由于營養供應不足而停滯。防治措施：控制濕度在80～85%之間，不要向幼小菇體上噴水，不讓風直接吹在菇體上。合理配比培養料成分。少數萎縮菇是由于菌種退化，癥狀是菌蓋尚未長足夠大即反卷、發黃、萎縮。防治方法：選用優良品種。　　

　　5、珊瑚菇原基分化不正常、松散、多細小分支，形狀象珊瑚。原因是原基發生時，嚴重通風不良，光照極弱，氮源欠缺。防治：加強通風和光照調節碳氮比例，添加氮源。