培養各種菌類后剩余的廢料叫做菌糠，因其殘留豐富的菌絲體及經食用菌酶解結構發生質變的粗纖維復合物，使營養價值得以顯著改善，通過適當處理，可以作為飼料或添加劑用于豬、牛、羊、雞、鴨、兔、鹿及魚類動物的飼養。為了保證它的確切飼喂效果與具有較高的安全可靠性，操作時務必注意四點。

一是質量鑒別 菌糠的質量一般分為三等，凡菌絲生長旺盛、表面被覆一層白色菌絲體膜、無雜菌污染、子實體分化良好的為上等;菌絲體生長較差，尚有少部分底料未生菌絲，串結不良，但無雜菌污染的為中等;菌絲稀少，串結不良，雜菌污染嚴重，出現酸臭異味，子實體分化不良的為下等。用作飼料宜取其中的上、中等品，下等的因雜菌污染嚴重，禁止飼用。

二是消除低毒 生產中食用菌培養料常拌有一定量的多菌靈等藥液，屬廣譜內吸性殺菌劑，對高等動物低毒，殘留期在10天左右，可用PH9~10的石灰水浸泡2~3天，然后作為飼料。

三是科學收貯 收菇后的菌糠仍含有大量水分，不宜久存，應及時挑選后曬干或烘干，讓水分降至11%以下進行妥善保存。也可將新鮮合格菌糠進行青貯，隨取隨用。方法是挖寬50~60厘米、深50厘米、長度隨意的土坑，內鋪塑料膜，放入10厘米厚的菌糠，糖面撒一層鹽，鹽上再放菌糠，直至突出地面5~10厘米為止，層層壓實，上蓋塑料膜，發酵5~50天后可取用。鹽的用量為鮮糠重的0.5%.

四是掌握喂量 經挑選過的菌糠(主指無霉變或腐爛)，可以鮮喂(按配比直接配入飼糧中)、干喂，也可以青貯飼喂。它在動物飼糧中的添加劑量，豬為10%~20%,家禽10%~15%,兔等草食畜15%~30%,魚類30%左右。用菌糠飼喂動物，只能用作替代飼糧中的部分糠麩類飼料或粗飼料，不可擠占高能量、高蛋白在飼糧中的比例，否則將影響動物的生產性能。

此外，對于菌糠飼料的開發，業內專家有兩點建議：一是培養食用菌時，必須選擇好的菌種，即選擇繁殖力強、抗雜菌能力高、菌絲體生長茂盛、對粗纖維有強大分解能力的菌種，只有這樣才能進一步提高菌糠的飼用價值，故實現種植養殖一體化，減少環境污染意義深遠;二是采用作物秸稈作培養食用菌基料時，最好先經氨化、膨化或熱噴處理，先改變其物理結構再接種菌種，以盡可能地增加秸稈的適口性和營養價值，從而提高種養有機結合的總體經濟效益，促使農民致富更上一層樓。