有機食用菌生產廢料菌糠是指用棉籽殼、玉米芯、甘蔗渣以及多種農作物秸稈、野草、酒糟、醋糟、糖渣、造紙廠或味精廠廢液、制藥廠黃漿液為主要原料，配以少量麥麩、添加劑后栽培食用菌后的廢棄培養基。
菌糠的營養特性：菌糠原料中的CP、NFE含量低，CF含量高，營養價值低；菌糠經過食用菌菌絲體分泌的酶作用營養成分發生變化，CP含量達10%左右；NFE含量達20-40%；Ca和P含量升高，分別是1.9-4.6%和0.25-0.8%；木質素和CF含量降低。
用作飼料：菌糠經適當加工處理所制成的內含一些食用菌菌絲體、經食用菌分解的纖維素、半纖維素、木質素及食用菌酶解作用的生物轉化過程中所產生的多種糠類、有機酸類、酶類和生物活性物質的復合物，所含營養成分豐富。廣泛應用于家禽、家兔、養豬、養牛、養羊、水產養殖業領域（中國飼料原料信息網）。
制作沼氣；菌糠生產的沼氣即可作為燃氣還可用于儲糧、水果保鮮等；沼渣用于育秧；沼液用于浸種亦可作為豬飼料添加劑。
制作肥料：菌糠肥施入土壤后，可改善土壤理化性質，增加土壤有機質含量，促進農作物抗腐能力和增產。且可減少化肥的過量使用引起許多負效應。菌糠中提取可利用的物質從：提取食用菌多糖、寡糖、多肽、纖維素酶、歧化酶等好原料。
再種食用菌：作為食用菌栽培的部分替代料，栽培秀珍菇、金福菇和鮑魚菇。
作活性炭：一般多用木屑作栽培料的食用菌產生的菌糠來制作活性炭，是因為這樣的菌糠纖維素和木質素含量豐富。
