平菇現(xiàn)階段主要有三種不同的栽培方式，按培養(yǎng)基處理方式，一般稱為發(fā)酵料栽培、熟料栽培和生料栽培法。他們各自都有優(yōu)缺點。

　　發(fā)酵料栽培：
　　發(fā)酵料栽培是按照一定的配方將原料混合拌均后建堆發(fā)酵，通過微生物自然發(fā)酵升溫，使原料內產生大量高溫菌群。這些菌群初步分解了營養(yǎng)，更主要的是他們的營養(yǎng)體及菌素可以抑制其他對食用菌有危害的雜菌，通過翻堆將原料各部分都生成這些高溫菌群，從而達到平菇栽培的開放式生產。發(fā)酵料生產平菇現(xiàn)在已經成為平菇生產的主要生產方式。這個方式同樣適用于雞腿菇、大球蓋菇、甚至滑菇的栽培。
　　發(fā)酵料生產方式的優(yōu)點在于生產成本降低，可以在夏季高溫以外的季節(jié)開放式生產而不擔心雜菌感染。其缺點在于發(fā)酵過程技術性較強，發(fā)酵不好，反倒容易造成嚴重失敗。另外蟲害需要注意防治,雖然在原料發(fā)酵階段料堆溫度能誘導蟲卵發(fā)育，料堆部分溫度能達到60-75度從而殺死害蟲，但在料堆表面及周圍地面溫度較低部分害蟲大量聚集且難以完全通過發(fā)酵溫度殺死，直接栽培后害蟲仍會逐漸大量孳生吞噬菌絲。裝袋前加入的殺蟲藥品作用也有限。建議在每次翻堆前在料堆表面和周圍地面噴灑殺蟲藥劑以徹底殺死害蟲。

　　熟料栽培：
　　熟料栽培是將原料按配方混合拌均后裝袋，然后采用高溫蒸汽滅菌，將原料內所有雜菌全部殺死，在無菌環(huán)境中將食用菌菌種接在培養(yǎng)基上。
　　熟料的優(yōu)點是操作規(guī)程簡單、按部就班，雜菌和害蟲殺滅徹底；特別是在反季節(jié)栽培時使用熟料栽培比其它模式優(yōu)勢較明顯。缺點是成本較高，因為要長時間靠高溫蒸汽持續(xù)加熱滅菌，一般達到100度以上要持續(xù)很長時間，會消耗較多燃料。另外平菇生產中現(xiàn)在還有人采用發(fā)酵料和熟料結合操作法，即先發(fā)酵再進行高溫滅菌殺蟲，滅菌時間可以大大縮短，100度以上只要維持5、6個小時即可。

　　生料生產：
　　生料即將原料混合后直接裝袋（下床）接種。他是靠較低溫和通風的環(huán)境和大量菌種及藥品等控制其他雜菌，達到栽培平菇的目的。一般在深秋季節(jié)，氣溫降到15度以下進行生料生產比較安全。　　生料生產方便快捷，但其生產受到季節(jié)限制，氣候環(huán)境是決定其生產的主要因素。該生產方法一般難以確保成品率，特別是老的栽培場所；在原料價格不斷升高的今天，一般采用生料栽培的已很少，新疆等原料價格較低的地區(qū)仍有人采用生料法。
　　另外食用菌培養(yǎng)基的處理方式還有半熟料，普遍應用于東北地區(qū)的香菇、滑菇生產。