食用菌菌絲繁殖快，易變異，菌種保藏難度較大。現介紹幾種效果很好且簡單易行的菌種保藏法。
1．液體石蠟保藏法：選用化學液體石蠟，高壓滅菌后放入40攝氏度恒溫箱中數小時或干燥器中數日，用無菌吸管或注射器吸取液體石蠟，注入菌種試管。注入量應高出斜面尖端1厘米左右，塞上棉塞，用蠟封好，直立保藏在低溫處，可保藏5年。
2．麩皮保藏法：稱取一定量的麩皮加水或營養液后拌勻即可使用。水、麩皮裝入試管，高壓滅菌后接入菌種，放在適溫下培養。菌絲體發育好后，將試管放入干燥室溫下進行干燥。干燥后放在20攝氏度以下干燥處保藏，可保藏3-5年時間。
3．生理鹽水保藏法：將菌種接入馬鈴薯培養液中，每250毫升三角瓶裝60毫升培養液，振蕩培養或每天搖動5-10次，培養5-7天，然后將形成的菌絲球移入裝有5毫升無菌生理鹽水的試管中，每管約移入4-5個菌絲球，塞上棉塞，用蠟封好管口，置低溫下，可保藏1年。
4．麥粒保藏法：取優質小麥，淘洗后浸入20攝氏度水中泡5小時，稍加晾干，裝管。裝入量以管長的1／4到1／3為宜，滅菌，趁熱搖散，冷卻后接入菌絲體，適溫培養至大多數麥粒上出現稀疏菌絲時終止培養。置于25攝氏度以下干燥處，可保藏1-2年。
