步驟一：適時采收
適時采收是加工優質干羊肚菌的關鍵措施之一。過早采收產量低，過遲采收營養成分低，價值也低。羊肚菌子囊果的成熟以菌柄淡黃色，菌柄初變褐為標志，通常采收的子囊果要以八分成熟為宜，此時整個菇體分化完整，顏色由深灰變淺灰或褐黃，菌蓋飽滿，蓋面溝紋明顯，邊緣較厚，外形美觀，口感最好。羊肚菌通常上午9-12時采收，必須一朵一朵地采，而且不能沾到泥土。采收時用左手3個指頭輕輕握住菌柄，右手用竹片等非金屬物輕輕撬起子囊果。注意不能用手拔，因為最下面的部分留在泥里，土里遍布著菌絲，像一張供應養分的網，有些好的還能生長起來，一茬接一茬，可以一直采收到4月份，但是如果鏟斷了菌絲，就不會再繼續出菇了。
步驟二：分級存放
采收后的羊肚菌要先將菇體上附帶的雜質去除干凈，再按照不同等級分別存放，采菇用的籃子和框底內部應鋪放衛生紙或茅草等柔軟物。將羊肚菌按順序排疊，輕取輕放，以免擦傷或碰碎菇體表面，每籃放菇數量不宜太多，以防壓傷菇體，影響到產品外觀和降低等級。
步驟三：剪柄
剪柄長短應根據羊肚菌形、羊肚菌肉、羊肚菌質、羊肚菌面來確定，并可分為去糠、剪半腳、剪平腳三個等級，這對成品羊肚菌干的品質和干羊肚菌的所得率影響很大，也影響著羊肚菌的銷售價格。
1)羊肚菌面小、肉薄、腳長的，以去糠為宜(保持全腳);
2)羊肚菌面大而圓、肉薄、肉質松軟的，可取其半腳(即剪去羊肚菌腳的一半)，取值范圍為1～1.5厘米左右;
3)羊肚菌面大而圓，肉厚而堅硬的，以取平腳為宜，即剪去腳，剩下約0.5厘米左右。
