當前，食用菌界比較熱門的是各地食用菌專業合作社如雨后竹筍般興起，食用菌專業合作社是近年來興起的一種新型食用菌合作經濟組織，它由從事食用菌生產經營的菇農或企業自愿組織起來，按照合作制的原則進行生產、加工、經營、分配、管理等活動，以共同抵御風險、提高收益，是食用菌專業化、市場化發展的產物。雖業內人士對此眾說紛紛，但畢竟代表了一種新事物。完善與發展食用菌專業合作社任重而道遠。會長（理事長）作為食用菌專業合作社的法人代表，在其中具有關鍵的作用，因此，探討如何當好食用菌專業合作社會長很有必要。
食用菌專業合作社會長一般都是由合作社中的種菇大戶或種菇能人擔任。相比其他菇農來說，當會長一定要眼界開闊，思想要解放，勇于創市場，勇于接受新品種、新技術，有創新觀念，在合作社要有相當的感召力。但多數食用菌專業合作社在我國尚處于起始階段，會長面臨著如何對合作社進行科學系統管理；提高合作社管理層人員（秘書長、監事長）的整體素質；加強合作社的市場、合作、風險等防范意識；要根本上解決食用菌專業合作社在發展中所遇到的各種問題，會長僅憑以往的經驗來管理，是不能適應當今市場激烈競爭的需要，因此，會長應深入學習現代企業管理理念,不斷提高自我素養，促進食用菌專業合作社的健康、有序的發展。
食用菌專業合作社有無旺盛的生命力，關鍵要有一個良好的運行機制。所以，作為法人的會長首要工作是抓好合作社的規范化、制度等建設，確立好合作社章程，加強管理，強化工作職能，制訂好管理人員的工作計劃和崗位責任，從而調動管理人員的積極性。
菇戶是食用菌專業合作社的最基礎細胞，菇農的素質如何，直接關系到合作社能否發展和壯大。菇戶加入食用菌合作社的目的很單純，實質就是為了增加效益，受傳統思想的約束，多數菇農對市場經濟條件下合作組織的必要性、重要性認識不夠，還是習慣滿足于游兵散勇地單干，采用傳統的模式生產經營，對市場不了解，缺乏基本的現代生產技能，缺乏合作所必備的市場觀念、法制觀念、誠信觀念、組織觀念等。合作社同菇戶之間的關系就像一對出對象的男女青年，處的好就結婚，處的不好就分手，沒有什么道理好講的，少數菇戶受市場利潤的驅動，摻假使雜時有發生。因此，會長應明確職責、把握分寸，進行協調化解矛盾，讓菇戶與合作社互相尊重，互相支持，共同盈利。
一個食用菌合作社要不斷前進，就要有優秀的會長，只有管理好一個團隊，才能使合作社發展壯大。要使食用菌專業合作社充滿朝氣，從會長到副會長、秘書長、監事長，班子必須要保證團結，要是個一心干事業的班子，會長應把合作社的工作當作了自己份內的工作，當作實現個人價值的一部分，帶領班子成員集體發揮應有的作用。
當今食用菌產業的市場競爭，在于突出自己的特色。會長應讓食用菌專業合作社圍繞當地的優勢來組織菇農開展合作服務，根據合作社的實際，制定一個切實可行的食用菌專業合作社發展戰略規劃，完善食用菌產品質量標準，完善食用菌產品的生產、加工、貯藏、銷售全過程及操作環境等方面的標準體系，促進食用菌產品質量上等級、上規格、上檔次，會長要解決好分戶生產、分散經營和產銷脫節等問題，采取統一品種、統一購買菌需物品、藥品、統一技術標準、統一市場銷售、統一技術培訓的辦法，為合作社成員提供全程標準服務，使食用菌產量不斷增加，規模不斷擴大，從提高食用菌生產的比較效益。
食用菌專業合作社作為發展食用菌產業、促進菇農持續增收的合作經濟組織，要著力培育新型菇農，引導菇農參與食用菌產品的生產與銷售，能有效地實現了小菇戶與大市場的對接。促使食用菌產業化經營，市場開拓是個重點和難點。會長要充分利用媒體廣告以及博覽會、招商會、網絡營銷、專題報道、展銷會和公共關系等多種促銷手段，進行食用菌產品的整合宣傳，提高公眾對本合作社食用菌產品的認知度，做大做強合作社品牌！