【作者】呂貝貝 吳瀟 蔣瑋 于海龍 金劍鋒 陳雷 譚琦 唐雪明
【機(jī)構(gòu)】上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院生物技術(shù)研究所 上海市農(nóng)業(yè)遺傳育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院食用菌研究所農(nóng)業(yè)部南方食用菌資源利用重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室國(guó)家食用菌工程技術(shù)研究中心國(guó)家食用菌加工技術(shù)研發(fā)分中心上海市農(nóng)業(yè)遺傳育種重點(diǎn)開放實(shí)驗(yàn)室 上海市農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)科技信息技術(shù)研究所 南京野生植物綜合利用研究院
摘要：采用CodonW1.4.2軟件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因組蛋白質(zhì)編碼序列(coding sequence,CDS)為對(duì)象,解析了該菌的有效密碼子數(shù)(effective number of codon,ENC)、密碼子3個(gè)位點(diǎn)的GC含量、相對(duì)同義密碼子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表達(dá)優(yōu)越密碼子。結(jié)果表明:普通羊肚菌全基因組密碼子第2位密碼子的GC含量明顯低于第1位和第3位,第3位密碼子與第1位含量差異不大,分別為57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密碼子總共35個(gè),其中以G或C結(jié)尾的25個(gè),占71.4%,確定了25個(gè)高表達(dá)優(yōu)越密碼子。
基金：上海市農(nóng)委項(xiàng)目[滬農(nóng)青字(2016)第1-16號(hào)]； [滬農(nóng)科攻字(2015)第5-6號(hào)]和[滬農(nóng)科攻字(2015)第(6-1-5)號(hào)]資助；
關(guān)鍵詞：普通羊肚菌; 編碼序列; 密碼子偏好性; 優(yōu)越密碼子;