無論是哪個品種，都應挑選顏色特別均勻、鮮亮，具有清香味沒有異味的金針菇，否則很可能是經過熏、漂、染或用添加劑處理過的。至于市面上銷售的金針菇罐頭，則應挑選正規廠家生產的，如果顏色鮮亮，有刺鼻氣味，湯汁混濁且有懸浮物，則可能經過特殊處理，不可選購。
鹽漬對檸檬酸的含量是有要求的，含量符合標準的，對人體沒有危害;如果使用過量，不僅金針菇的質量會大打折扣，甚至不能食用。藥劑學專家稱，長期過量食用含有檸檬酸的食品，會導致體內鈣質流失，導致低鈣血癥。而使用工業檸檬酸浸泡，化學殘留會損害神經系統，誘發過敏性疾病，甚至致癌。
正規廠家生產的金針菇原料為米糠，玉米芯，木屑，碳酸鈣等，將原料根據做菌量的多少，按時間安排進行配料，混合裝瓶殺菌一天。接菌及培養菌絲28天，去皮入栽培室1天，出芽8天，抑制6天，生長10天，采收4天，由工作人員按照菇的等級進行分類為大A級，削A級，B級，和C級進行包裝。一個生產流程約60天。兩位專家都認為，金針菇及其他菌菇類是很容易被人體各種酶消化的食物，并建議大家購買金針菇時，應盡量選擇工廠化栽培的生態菇，白色金針菇，粗纖維少，細嫩，營養安全指數最高。對于少數腸胃消化不良人群，建議切 金針菇是一種綠色，環保有機的美食，金針菇的所含的物質具有很好的抗癌作用，既是一種美味的食品又是較好的保健品。更是涼拌菜和火鍋的上好食材，其營養豐富，味道鮮美深受大眾的喜愛。
據《中國食藥用菌學》一書指出，金針菇子實體中含有兩種具有抗病毒活性的蛋白質：單鏈核糖體失活蛋白(RIP)、不含糖基蛋白(Zb)，這兩種蛋白可以直接作用于病毒的DNA和RNA，使病毒失去復制和轉錄功能。因此，在當下流感多發季節，可常吃菇類，例如每日食用50~100克新鮮金針菇。
金針菇的幾種營養吃法：
1、金針菇燉土雞
2、金針菇炒蝦仁
3、金針菇炒雞蛋
4、涼拌金針菇
5、金菇肥牛卷
6、金針菇燒豆腐成小段后烹飪。
