在食用菌栽培中，水分起著為菌絲和菇體提供營養的作用，是決定產量高低和快速轉潮的重要因素。大多數品種的培養料適宜含水量為60%～65%，在出菇過程中培養料和空間的水分都逐漸減少，需要及時補充。在對菌袋的培養基補水時應當注意以下幾個要點：
        補水時機和補水量。香菇等轉色完成、出菇前就要補水，補到培養料含水量65%左右。多數食用菌在第一潮菇采收后，基質營養豐富，基質中水分含量還較高，補水量宜少些；當長過第二潮菇后，基質營養減少，基質中的水分也降低，補水量可多些，菌袋浸水的時間可長些。補水時要先養菌，再補水，補水量控制在原菌袋重量的80%～90%為好。菌絲稀疏、長勢弱、溫度低于5℃或料內發生病蟲害時不宜補水。三潮菇后補水時，可同時補充營養物質，常用尿素、糖、磷酸二氫鉀等。
        補水時應用清潔干凈的河水或地下水。不宜使用地表的塘水和溝水，防止雜菌和害蟲攜帶入基質中，引發病蟲為害。
        水溫盡可能與菇棚溫度一致，不要用冰涼的水。原基、菇蕾上不要噴水。最好用噴霧器補水，噴嘴朝上向空間噴霧增濕。
        補水后，如菇體上有水珠應通風去除，否則會給病菌繁殖造成機會，在菇體上形成病斑。