香菇在反季節栽培中，往往因生產條件的調控不到位而產生畸形菇，影響菇的商品質量，降低生產效益。畸形菇的主要表現及防治措施如下：
1.菌蓋小而薄：表現為菌蓋既薄又小，即使菇齡較長也無法長大，鮮食時沒有香菇的特殊香味；其發生原因一是沒有完成轉色，花菌袋或白菌袋時即進行出菇；二是基料營養明顯不足；三是生長的溫度偏高。防治辦法：沒有轉色的菌袋，一定要調控條件進行轉色；如果基料營養不足，則可在浸泡菌袋時予以適當補充，也可采取“菇面施肥”的辦法，比如噴灑食用菌三維營養精素，即可有效加厚菌蓋厚度；夏季氣溫較高，應采取有效的降溫措施，如向菇棚的墻壁噴水等。
2.菌蓋燈罩形：菌蓋呈尖頭的燈罩形狀，并且明顯的變薄，商品質量嚴重下降。主要原因與上述相同，可參照上述方法進行防治。
3.菌蓋波浪形：菌蓋邊緣呈較規則的波浪形狀，亦明顯的較薄、較脆。發生波浪形主要是幼菇發育階段接受了較大溫差，同時環境的濕度變化亦很大，尤其當大水直接噴淋于菌蓋時，使得菌蓋組織發育不正常。防治辦法是發生菇蕾后，應保持較平穩的溫度和濕度，尤其夏季反季節栽培時，菇棚的溫度往往是決定子實體能否正常發育的基本條件。
4.菌蓋不周正：具體表現為菌蓋或狹長或三角等，不圓整是其主要特征。發生原因主要是幼蕾階段沒有及時切開塑料膜，使其菌蓋直接頂到塑料膜上接受了一定的摩擦，或者菇蕾發生比較多，沒有及時疏蕾處理，待長至幼蕾階段，菌蓋分化后擠在一起，只要幼時菌蓋受擠壓，則永遠不會再重新長圓整。防治：及時割膜，并進行疏蕾處理，一般只選1～2個幼蕾，勿使過多。
5.菌柄空心：菌柄細長、空心，導致菌蓋也很小，主要是基料含水率過低以及空間濕度太小等原因所致。防治措施：每采收一潮后，即應進行泡袋處理，一般浸泡24小時即可使之恢復原先的重量；保持菇棚空氣濕度在85％以上。
6.菌柄從裂縫中長出：菌袋含水率過低時，基料開裂，形成狹長的裂口后，即可有子實體從裂口內長出，有的甚至沒有完全鉆出來，菌蓋就在裂口內長大，最終也無法實現其商品價值。防止辦法是堅持菌袋浸泡處理，不使其形成裂口。
7.菌柄扭曲：菇棚空氣濕度偏低、光照較強或光線角度變換過頻時，易發生該現象。防止辦法是保持相對穩定的空氣濕度，并保持較穩定的光照，一般要求有1000勒克斯的散射光即可滿足。
8.蠟燭菇：蠟燭菇的特征就是光禿禿的菌柄上，沒有正常的菌蓋組織，形似蠟燭。發生原因：一是菇蕾階段菌蓋組織受損，二是棚內二氧化碳濃度過高。防治措施：及時割膜；疏蕾時注意不要傷及欲留蕾；堅持較好的通風，保持棚內較清新的空氣條件。
