1、看外觀
看菌瓶標簽與黑木耳菌種是否相符，以防錯購。培養時間應在兩個月以內，從接種日算，菌齡應在30～40天為宜，同時看瓶塞壁有無破裂或棉塞脫落等現象。
2、看菌絲
菌絲潔白純度高，絨毛粗壯、短密齊的為優質菌種。如有綠、黃、紅、青、灰色菌絲，則為已感染雜菌的菌種，需淘汰。
3、看耳基
瓶壁與料之間如無淡黑色耳基的為優良菌種，有少量耳基為正常菌種，如果太多，則傳代次數過多，接種后雖出耳早且多，但長不大，產量較低。
4、注意沉淀物
如果瓶壁沒有或僅有淺褐色膠質物屬合格菌種；如果有黃褐色液體，屬老化菌種，不可購買。
5、看菌塊
木屑菌種表面均長有菌絲，已看不到木屑，挖出時以成塊而不松散為佳。
6、注意聞氣味
拔去棉塞，聞到菌種清香味，則為合格品；若發出酒酸、霉臭等異味，則是變質菌種，不可用。
7、注意巧使用
如果菌種培養時間過短或溫度過低，菌絲未長滿全瓶或菌絲未長入木屑內部的，應繼續在適溫下培育，然后再用于接種，應存放于清潔、干燥和光線較暗的室內。接種前，嚴禁拔掉棉塞，對已開瓶接種的菌種不宜過夜，以防雜菌污染。
