有機菌種出菇期間發生侵染性病害主要癥狀：幼蕾死亡、幼菇發黃、死菇、菇體變褐等。
播種后菌種不萌發或吃料困難主要原因：菌種退化、老化;菌種未經脫毒處理、自身攜帶病毒或病菌;基料滅菌不及時或不徹底，導致酸敗;接種時溫度過高等。處理：更換適齡、健壯的脫毒菌種;因基料或接種原因時，重新裝袋生產。
發菌期間污染嚴重主要原因：滅菌不徹底，接種操作不規范，菌種自身攜帶雜菌，培養場所雜菌基數過高，預防措施不到位等。處理：前三個原因導致污染率高，裝袋;培養場所按技術規程用藥處理，菌袋進入后，每5天左右噴灑一遍藥物予以預防，一般可使用賽百 09和百病傻交替噴灑;發現污染袋后移出進行單獨藥物處理，方法是使用消霉王或百病傻浸洗菌柱，并單獨發菌，以免雜菌孢子對其它菌袋形成二次污染。
處理：屬于菌種問題時，更換菌種即可解決;加強通風管理，尤其為了節約用電而不及時通風的作為是很不劃算的，應根據生產的不同階段，實施科學的通風;同時強化病蟲害預防工作，發現病害后，應及時將菌袋移出，清理掉病菇，并順手清理料面，根據病害程度，使用賽百09溶液涂刷或噴灑料面，殺死病菌。
出菇期間發生畸形菇主要表現為只長白疙瘩、不分化子實體;菌柄粗短或細長、菌蓋很小甚至沒有菌蓋等。主要原因：菌種退化或在菌種轉接生產過程中感染病毒病菌;原料配比尤不要在蕾期噴大水，也不使袋內積水;使濕度處于相對穩定狀態，比如，每次通風后應及時噴水，使在通風時暫時降低的濕度再度升高。
