食用菌栽培是一系列復雜操作的工作程序，包括種菇選擇、母種選育與保存、菌種制備、出菇管理及市場銷售等，每個程序都有至關重要的細節操作食用菌栽培是一系列復雜操作的工作程序，包括種菇選擇、母種選育與保存、菌種制備、出菇管理及市場銷售等，每個程序都有至關重要的細節操作。但育種是這些工作中首要的一項工作，沒有優良的菌種，不管其他工作程序準備及管理得多么好，都會造成減產或失敗。

一、自然選育自然選育是最古老、最簡便、應用最廣的選種方法。它是先分離和收集各地的有關菌株，然后通過生產試驗比較各菌株的生產性能，選留最優者。　　為提高產量，要將引進的多個菌株，進行系統的栽培比較，特別是對各菌株的菌絲生長速度，對環境的抵抗力，出菇早晚，產量高低，菇形大小，香味濃淡，苦味程度等各方面進行了詳細的評比，最后評選出優良品種。

只要我們經常注意菌種的選育，不斷淘汰劣等菌株，選留優秀菌株，就能使生產豐收，質量穩定。

二、誘變育種誘變育種能大幅度地增加菌種的變異量，從而人們能從誘變后的群體中篩選優良菌株。常采用物理、化學等誘變劑來動搖菌種的遺傳性，直接或間接地作用于核酸物質，能強烈地引起菌種的變異。誘變育種的誘變劑很多，常用的有紫外線、X光線、Y射線及硫酸二乙醋（DFS）、5-溴尿嘧啶（5-BU）、氮芥（Nm）、N“廣甲基N”亞硝基胍（NTG）等。

誘變育種方法有三個步驟：一是準備孢子懸浮液，將新鮮的食用菌無菌孢子移入5毫升無菌生理鹽水或磷酸緩沖液中，搖勻后即成孢子懸浮液。孢子懸浮液的濃度以每毫升含孢子106～109個為宜。二是誘變處理，用誘變劑處理如紫外線處理，誘變處理應在暗箱內進行，箱內裝15瓦紫外燈1支，懸掛于30厘米高處，誘變處理時應先開燈20分鐘，使波長穩定，然后將懸浮液倒入直徑為6厘米的無菌培養皿中，打開皿蓋，照射0.5～1分鐘。照射后的孢子懸浮液每毫升所含的活抱子數約在105～108個。因此要得到單個菌落，必需先用無菌水將照射后的孢子懸浮液稀釋1000～10萬倍。然后取釋釋液0.2毫升涂布于裝有瓊脂培養基的培養皿上，在25℃下培養5～10天，這時就能在每個平板上得到數十個單菌落。選純正、健壯的單個菌落移入斜面試管內，供進一步測定篩選。三是挑菌篩選，誘變處理只是擴大了它的變異范圍，并不能決定變異的方向，所以誘變最大的困難是篩選，只有在大量的、各種各樣的變異中，才能篩選到符合需要的變異個體。這樣就需將誘變后的孢子經培養長出菌落后及時挑菌，選發育健全的單個菌落移入斜面試管內，一個菌落只接一支斜面，待外面長好后，再分別接入2～4瓶原種中，然后進行栽培試驗，反復比較各菌落的生產性能，擇優留取。

三、雜交育種雜交育種是培育菌種的有效手段。誘變育種主要是通過改變核酸分子而引起變異，而雜交則是通過2個或幾個親株的染色體片段的交換或重新組合而獲得新性狀的。進行雜交時，親代必需有標記。凡同宗接合的食用菌，可用營養缺陷型來標記。營養缺陷型是指在營養特征上表現某種缺陷的變異菌株。它在不含氨基酸、維生素等有機物的基本培養基上不能生長。我們可以把2個不同品種的營養缺陷型混合接種在基本培養基上，如果它們能生長，即就意味著它們可能進行了雜交。對于異宗接合的食用菌，可以利用菌絲的性別來進行雜交，取來自兩種不同品系的單孢子分離物混合接種在一起，經培養后，凡出現雙核菌絲的組合，并能正常結實，就證明能雜交。通過雜交親代的選擇，就能得到融合親代優點而除去親代缺點的優良菌種，使生產水平大幅度地提高。