針對病蟲害發生較為嚴重的秀珍菇、雙孢菇、茶樹菇、草菇、平菇、竹蓀，通過統一供種、場地選擇、環境調控、配方優化、工廠化制作培養料、多品種輪作等技術措施，對栽培全程的病蟲害防控采取物理、生態防控，必要時施用生物源安全農藥或經過登記的食用菌專用農藥，確保產品的安全，可明顯提高產品的安全性和穩定性，提高菇農經濟效益，技術成熟，具有較強的推廣應用價值。
通過對食用菌生產程序的科學規范操作，在栽培過程中重視病蟲害的綜合防控，做到物理預防和生態預防為主，生物防治和化學防治為輔，實現無公害和綠色標準生產，提高產品的質量和安全水平。病蟲害防效可提高20%以上，生產效益提高10%以上。
防治病蟲害的核心技術：1.“小環境控制+成蟲誘殺”技術。針對鋼架大棚冬天保溫、夏天降溫的需要，以60目密度的防蟲網圍罩大棚，加誘蟲燈或粘蟲板誘殺棚內成蟲，控制食用菌蟲害數量。60目密度防蟲網在夏季圍罩大棚后，既通氣又能霧化雨水，增加大棚的濕度；棚頂不需覆蓋薄膜，僅需加蓋兩層遮陽網或草簾即達到遮陰的作用，需保溫時在防蟲網上覆蓋薄膜即可。
2.“黃板監測+成蟲誘殺+生物制劑”技術。磚混蘑菇房和露地小拱棚、大型毛木耳或秀珍菇菇棚，均以降溫通氣為基礎建造，防蟲網覆蓋易影響通風效果，成蟲易飛入菇棚產卵為害。鑒于無小環境控制的特點，以誘蟲黃板監測蟲害種類和蟲害世代周期，選擇在成蟲的羽化期開啟誘蟲燈誘殺成蟲，根據誘蟲黃板上的成蟲量信息，掌握在成蟲的羽化始期對室內的菇床或菇袋噴施生物制劑Bt，初孵化的幼蟲取食毒蛋白后中毒死亡，5~7天后顯示出藥效。
3.“黃板監測+生物制劑+安全性藥劑”技術集成。對于田野山坳栽培香菇、靈芝等食用菌的地棚，在無電源使用誘蟲燈時，可采用誘蟲黃板+生物制劑Bti+安全性藥劑的組合方式，多項措施結合控制害蟲為害。藥劑可選擇使用具安全低毒的甲阿維菌素、菇凈或滅蠅胺殺蟲劑，多種藥劑輪換噴施，防止出現抗藥性，可有效控制蟲害發生。
4.病害防控以熟料滅菌無菌接種為主，生料栽培品種培養料需經充分發酵，利用生物發酵產生的高溫殺滅病源物，進一步減少和消滅培養料中的病源，為栽培出菇期的菇體安全打好基礎。
其配套的技術：1.合理選用栽培季節與場地。出菇期與當地主要害蟲的活動盛期錯開，盡量選擇清潔干燥向陽的栽培場所。清除栽培場所周圍50米范圍內水塘、積水、腐爛堆積物、雜草，減少病蟲源。
2.合理選用配方。栽培配方應以菌絲容易吸收轉化、但又不利于蟲體寄生的培養基。適當減少糖用量或根本不用糖，適當增加木屑等用量。減少配方培養基中的水分控制雜菌污染，促使菌絲正常生長和及時出菇，提倡使用工廠化生產培養料和菌包。
3.多品種輪作。采用害蟲種類差異大的菇種輪作或菇菜輪作，尤其在某種病蟲害高發期選用該病害蟲不喜歡取食的菇類栽培出菇，可使區域內病蟲源減少或消失。
4.選用抗病品種。雙孢蘑菇建議選用W2000、棕蘑5號等抗疣孢霉病菌株；香菇選用808、武香一號等菌株；秀珍菇選用蘇夏秀一號；毛木耳選用蘇毛3號等抗病品種，提倡使用有資質單位生產的菌種。
注意事項：防蟲網要全棚覆蓋，懸掛的黃板要定時更換；Bt等生物藥劑的使用時期要選擇蟲害發生初期、蘑菇覆土前或剛開袋時、每潮菇采完后等關鍵時期。
