栽培有機食用菌，原料有生料、發酵料、熟料三種處理方式。從生料到發酵料再到熟料，培養料的腐熟程度是由淺到深，營養成分的分解程度是由輕到重，雜菌基數是由多到少，但受外界雜菌的入侵程度是由難到易，從操作方面來講是由簡單到煩瑣，從產量上看是由低到高，生產者應根據自己的情況，合理選擇。
生料栽培：生料栽培即拌料完畢后不經任何處理而直接裝袋接種的栽培方式。這種栽培方式簡單易行，省工省時，但接種后發菌慢，接種量大，而且在發菌過程中會造成后發酵，導致高溫燒菌。在炎熱的夏季，高溫多雨，若栽培方法不當，易造成生料酸化腐爛以致栽培失敗。因此，生料栽培僅限于菌絲生長力強的平菇、草菇等。
發酵料栽培：發酵料栽培即是將原料拌勻后，按一定規格要求建堆，進入發酵工藝。當堆溫達一定要求后，進行翻堆，一般要翻3～5次。通過發酵處理，可殺死培養料中的有害微生物和害蟲，但操作麻煩，成本較高。平菇、草菇、雙孢菇、雞腿菇等都很適合發酵料栽培。
