有機平菇在生長過程中，不施用任何藥物，完全按自然規律自行生產，出現危害有機平菇的雜菌、疾病、蟲害也在所難免。如何有效防治這些雜菌害蟲對有機平菇的傷害呢：
危害有機平菇的雜菌：主要有綠霉、毛霉、曲霉、根霉、細菌、病毒病、細菌性褐斑病、黃斑病等。
現就如何防治有機平菇綠霉和黃斑病簡要介紹如下：
綠霉是侵害食用菌最嚴重的一種雜菌，凡是適合食用菌生長的培養基，均適宜綠霉菌絲的生長。有機平菇在培養料中滅菌不嚴格、接種時消毒不嚴格、出菇期環境衛生差，均能產生綠霉。綠霉侵入到培養料和菌絲及菇體內嚴重時即報廢。
防治方法：
1、培養基內水分控制在60%～65%，過高水分極易引發木霉；
2、保持環境清潔干燥，無廢料和污染料堆積。保持出菇場所的衛生，菇棚保持通風，適當降低空氣濕度，減少澆水次數，防止菌棒長期在高溫環境下出菇，應干濕交替，菌棒應有較低的濕度環境養菌和轉潮期；
3、及時采菇、摘除殘菇、斷根和病菇，清除污染菌棒；
4、用綠霉凈注射綠霉處或用立信菌王或菌絕殺注射。
其它病害的防治與防治綠霉的方法基本相似，只有用藥有所選擇。
危害有機平菇的主要害蟲：多菌蚊（又稱菇蚊或菇蛆）、癭蚊、糞蚊、蚤蠅、果蠅、家蠅、食絲谷蛾、夜蛾、螨蟲、線蟲。它們主要在秋冬季11～12月，春季3～6月高峰繁殖，在溫度適宜情況下，卵期5～7天，幼蟲期10～15天，它們在料中取食、產卵、孵化，繁殖率極強，對平菇生產危害極大。
防治方法：
1、清除周圍雜草、垃圾，保持菇棚周圍環境衛生；
2、清除廢料，遠離菇棚。
