1、菌袋在發菌過程中大部分發生污染，嚴重時全軍覆沒。直接原因是滅菌不徹底：(1)拌料時培養料沒有吸透水，料內有生心，尤其是木屑、玉米芯等質地較硬的培養料易發生這種情況。(2)在滅菌過程中沒有排盡冷空氣，滅菌鍋(罐)中始終被冷空氣占據一隅，導致沒有良好的熱循環。(3)滅菌時間不足，或在滅菌過程中出現停火斷氣，或滅菌鍋(罐)內菌袋擺放過多過緊。
2、發菌階段菌絲生長特別緩慢，導致發菌期延長。主要原因：(1)菌種活力弱。(2)菌袋裝料過緊或含水量過高(大于65%)，抑制了菌絲的生長速度。(3)發菌溫度過低(小于20攝氏度)，且通風不良，或者培養料的酸堿度(pH值7左右)不適宜。
3、發菌階段，菌絲尚未發滿便出菇。這種現象一般在冬季生產時容易發生。
4、在滅菌過程中，菌袋相互擠壓變形，致使栽培料和菌袋之間產生空隙，使菌袋側面的菌絲擰結形成原基，發育成子實體，這種菇全部為畸形。發生這種情況，應及時對菇蕾進行捏壓，使其停止生長。
5、菌蓋長瘤，這種現象主要發生在冬季，原因是低溫。有機杏鮑菇生長發育的極限溫度是10攝氏度，冬季夜間氣溫長期低于10攝氏度，造成菌蓋內外層細胞伸長失調，形成瘤狀突起。
