食用菌的品種與栽培方式的關系非常密切，如果不能掌握栽培品種的生物特性，不能科學選擇栽培方式，則難以獲得理想的生產效果。
平菇、姬菇：主要有立體在栽培、畦式、菌墻式栽培等方式。不同方式產出的商品質量區別較大，立體栽培方式的產品含水率較低，表面潔凈，質量較高，但生物學效率偏低；后二者商品菇水分大，有的還帶有泥沙，盡管生物學效率較高，但現少有采用。
草菇、雞腿菇、雙孢菇、大肥菇、姬松茸、大球蓋菇：覆土栽培品種，尤其雞腿菇“不覆土不出菇”的特性，更是顯示了覆土的重要性。該類品種的主要栽培方式為畦式平面栽培，占地面積大，不太適宜規?；a。也可采取架式立體栽培，但操作略有不便，并且建造成本較高，適宜企業化生產。
黑木耳、毛木耳：這兩個品種的栽培，前些年主要方式為大棚架栽或吊帶出耳，近年由于“地栽”技術的推廣，產量的提高和管理的簡便顯示了該技術的優越性，所以，現在的生產多為露天地栽模式。
金針菇、真姬菇、茶薪菇、楊樹菇、柳松菇：該類品種多為立體栽培或架栽，前者分為兩頭出菇或單頭出菇。
猴頭菇、杏鮑菇、白靈菇、阿魏菇：小規模的多采用立體栽培、兩頭出菇方式，企業化生產多是單頭出菇模式，以求得高質量鮮菇。
天麻、豬苓：食藥用菌中，這是兩個純地下生長的藥用菌，而且都需要蜜環菌伴生，終生不見陽光，其特殊的生物學形狀決定了栽培方式的無法改變和管理上的不便。必須認真掌握其品種的特性，根據季節、溫侯、地理等條件進行恰當的管理，方能收到理想的生產效果，
北蟲草：食藥用菌中相對較貴的品種，多采用玻璃瓶層架方式進行出草，關鍵是最大限度的保障溫度和通氣。生產中，菌種的傳代次數一般應控制在3代以內。
