幼菇(菌蓋直徑在2.5厘米以下的菇)生長后期要注意控溫促壯，因此要蹲菇5～7天，蹲菇的目的是防止幼菇生長過快，造成菌蓋組織疏松，此階段菌蓋生長緩慢，個體增大速度降低，讓營養積累，使菌肉致密、堅實。蹲菇像莊稼蹲苗一樣，是為了防止徒長。因此，蹲菇十分重要，是培育優質花菇的物質基礎。此階段管理主要是控溫，使溫度在5～ 12℃，空氣濕度也適當低些(80％～85％)，適當的光照和充足的氧氣。蹲菇達到以手指摸菇蓋感到頂手，似花生米硬為度。達到這樣菌肉致密的幼菇，組織堅實，菌蓋表皮裂紋后能培育出優質花菇。蹲菇階段菇棚薄膜白天是否掀去，要依天氣和菇的生長情況而定。無風的晴天和需要通風換氣時可揭去薄膜，讓太陽光直射幼菇，揭膜時間的長短應以溫、濕、氣、光四個因素綜合協調考慮，不能顧此失彼，要四大因素兼顧。