在黑木耳栽培過程中，常有雜菌和蟲害發生，而造成生產上的損失。特別是在管理粗放和高溫高濕下，往往病蟲害發生嚴重，甚至無收。
常見的黑木耳害蟲有魚兒蟲、殼子蟲、米象、蛞蝓、小馬陸、彈尾蟲、蓑衣蟲；危害黑木耳的常見雜菌有碳困、革耳、云芝、木霉、青霉、裂褶菌、朱紅菌等。
防治黑木耳病蟲害應采取預防為主，綜合防治的方法，從而提高黑木耳本身的抗病蟲害能力，減少病蟲孽生條件和藥劑防治三方面入手。主要措施如下：
（一） 提高黑木耳本身搞病蟲能力；
1、選育優質高產，抗逆力強的菌種。
2、創造適宜黑木耳生長的溫度、濕度條件和營養條件，使黑木耳本身具有較強的與雜菌競爭的能力。
（二） 減少病蟲害生長條件：
1 清理好耳場。耳棚周圍及走道應每周一次用多菌靈或菇霉靈液噴霧保持栽培環境清潔衛生，減少雜菌污染的機會。
2 耳房、耳場必須通風良好，排水便利。
3 必需嚴格搞好耳場內和栽培房及滅菌、接種等各環節的消毒工作。
