銀耳袋栽因生長周期短，且屬中溫型恒溫結實菌類，兩種菌絲混合體的生物學特性與眾不同，在管理上只要稍有疏忽，都會導致欠產或全部失收。綜合各地技術性失敗原因剖析如下：菌袋基質欠佳。表現在接種后雜菌污染嚴重，主要原因是料袋滅菌不徹底；料袋質次，多針孔，以致污染嚴重；也有因培養料配制時水分過高，發菌慢引起雜菌污染；拌料裝袋時間延長，袋溫高，微生物活躍，其料酸敗，菌種無法吃料定植。
栽培季節不當。在自然氣溫條件下銀耳室內栽培以春秋為宜，但有的栽培戶盲目提前或延遲接種，結果春遇寒流，秋遭高溫，菌絲處在逆境下生長纖弱。尤其秋栽氣溫不穩定，特別是遇高溫菌絲受損，影響出耳和產量。
接種把關不嚴。接種室及工具消毒不徹底，接種室四周環境衛生差或靠近食品釀造廠房；操作人員衣物帶雜入室；不按無菌操作要求接種，導致雜菌污染。
發菌控溫不好。銀耳接種后頭3天為萌發期，4－12天為生長期，對溫度的要求，萌發期不超過30℃，生長期不超過28℃。有的栽培者沒有很好掌握這個極限溫標，秋栽發菌時超溫不采取疏袋散熱等措施，致使菌絲受高溫危害，穴口吐黑水，發生爛耳；春栽發菌時遇到春寒，沒及時加溫，使菌絲長時間處于低溫，結果穴口吐白色粘液，都直接影響出耳和產量。
開口擴穴誤期。菌袋開口增氧的適合菌齡，通常分：開小口的為10天左右，過2－3天撕掉膠布，再過2天割膜擴穴，三道工序15－16天，如采用一次性完成的，其菌齡14－15天。栽培戶常因開口擴穴時間拖延，使袋內菌絲嚴重缺氧導致生長衰弱，出耳困難或不齊而欠產。
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