接種后的菌料袋先在濃石來水中浸一下拿出來培養，以防料袋某些小孔眼或裂縫造成污染。香菇菌袋培養室要盡量做到干凈、無菌、無蟲害。新菇房除打掃干凈外，墻壁四周和地板噴刷一層濃石灰水，門口門里撒一層石灰粉，床架也要用石灰水粉刷一次。舊菇房則要求對四周墻壁、地板加水噴濕，并加濕處理，造成高濕條件，這樣可誘導附著在周圍的雜菌孢子、厚垣孢子等萌發成菌絲體，害蟲也能從休眠中蘇醒活動，然后用滅菌劑熏蒸，殺蟲劑噴灑。
菌袋排放發菌不能重疊太多，在沒有床架情況下（以有床架為好），可以“井”字形排列8-12層，約1米高，利于發菌期間生物熱能的散發，防止料溫過高。這期間不能壓著接種穴，以免影響勇氣和菌絲的萌發。發菌頭5天內不得搬動或翻動料袋，以免影響菌絲體的吃料和萌發。
一、發菌階段管理
當菌料袋接種第6天，可將菌種穴木釘分次取出，以利透氣，促使菌絲加速生長。
1、菌袋溫度控制：菌袋溫度控制在適當的范圍內，有利于產生優質菇。香菇菌生長最適溫度為24-26℃ 。最低溫度為5℃ 。最高溫度為35℃ ，料溫比室溫高3-5℃ 。為了產生優質菌絲體，在菌絲生長階段最好料溫控制在24-26℃ 。
2、變溫培養：在自然條件下變溫培養能達到菌絲抗逆能力增強，并得到優質香菇子實體。
3、注意通風降溫：秋初高溫季節生產香菇，當培養料接種菌種后，呼吸作用增強，易產生生物熱能，此時需將培養室溫度控制在比一般室溫低3-5℃ 不好，特別要注意前期控制好料溫。因此，可根據室溫和料溫情況，每天開窗通風1-2次，結合疏袋工作，減少疊袋層次，達到降溫目的。在搬動中注意輕拿輕放，以防料袋破損。
4、發菌后期管理：當菌絲長滿料袋后，必須把溫度上升到27-30℃ ，這樣可以加速對木質素的分解，確保菌絲積累充足的養分，以促進菌絲的生理成熟。
