許多品種在采收完第一茬菇后菌袋內的含水量就低了，當基質中的含水量低于40％以下，菌絲的生理活動處于停止狀態，基質內的營養難以轉化，原基難以形成，因此需要往基 質內補充水分使之陸續長菇。需要補水出菇的品種有平菇、金針菇、香菇、茶樹菇等品種。
　　常用的補水方法有：
　　①泡袋法：用大桶或水池，將菌袋放在其中，用木板加石頭壓上后往里加水，當水浸過菌袋，保持12～20小時，經泡水后的菌袋吸水量達到原來菌袋重量即可。
　　②用補水器補水：補水器是一個直徑不到1厘米的，前端由一個中空狀的尖頭組成，壁上布有許多小孔的鐵管，后端連著塑料管并連接上小型加壓水泵，將小鐵管插入菌袋內，然后打開開關，水注向料內。
　　③泡袋：對于站立式出菇的菌包，需補水時可將水灌入菌袋，以水漫過培養基量為宜，菌袋經20小時浸泡后，將菌袋內多余的水倒出，并將菌袋排好后進行出菇管理。