一、一級種基質配方
　　 一般使用PDA改良基質。基本配方：馬鈴薯200克、麥麩30公斤、葡萄糖20克、磷酸二氫鉀3克、硫酸鎂2克、食母生4片（0.2克/片）、1片維生素B1（10毫克/片）。該配方適應于大部分品種，一般發菌8天左右。

二、二級種基質配方
　　棉籽殼基質基本配方：棉籽殼95公斤、麥麩5公斤、石灰粉2公斤、過磷酸鈣2公斤、尿素0.3公斤。適于平菇、草菇、雞腿菇、榆黃菇、杏鮑菇、白靈菇等大部分食用菌品種。一般發菌25天左右。
　　谷粒基質基本配方：小麥100公斤、麥麩20公斤、石灰粉1公斤、石膏粉1.5公斤。也可使用玉米、大豆等谷粒。該配方適應于平菇、榆黃菇、雞腿菇、金針菇、杏鮑菇、白靈菇等大部分食用菌品種。一般發菌10天左右。
　　木屑基質基本配方：木屑80公斤、麥麩15公斤、豆餅粉5公斤、石灰粉5公斤、石膏粉2公斤、過磷酸鈣2公斤、尿素0.6公斤。該配方適應于平菇、榆黃菇、金針菇、杏鮑菇、白靈菇等大部分木腐菌品種。一般發菌40天左右。
　　 玉米芯基質基本配方：玉米芯85公斤、麥麩15公斤、石灰粉4公斤、石膏粉2公斤、過磷酸鈣2公斤、尿素0.6公斤。該配方適應于平菇、草菇、雞腿菇、榆黃菇、金針菇、杏鮑菇、白靈菇等大部分食用菌品種。一般發菌10天左右。
　　 木塊基質基本配方：木段或木塊100公斤、麥麩20公斤、石灰粉4公斤、石膏粉2公斤、過磷酸鈣2公斤、尿素1公斤。該配方適應于香菇等品種，減去石灰粉可適應于木耳栽培。一般發菌20天左右。

　　三、三級種基質配方
　　可在二級種基質配方的基礎上，按照降低成本的原則，以玉米芯等為主料，并減去麥麩等高價原輔料。

　　 四、根據要求調整基質
　　1.黑木耳、毛木耳、猴頭菇等品種，使用棉籽殼基質時，應在基本配方基礎上，降低或去掉石灰粉。
　　2.時間偏緊需要盡快使用菌種時，可采取以下辦法：
　　 計劃必須20天播種的，應增加一級種制作數量，同步增加二級種數量并使用谷粒基質，即可完成播種計劃。
　　計劃必須40天播種，增加一級種制作數量，同步增加二級種數量并使用谷粒基質；三級種可采用小規格菌種袋、棉籽殼基質，確保20天內完成發菌，即可滿足播種計劃。
　　 計劃必須60天播種，一級種常規制作，二、三級種使用棉籽殼、玉米芯等基質，常規制作，即可輕松滿足播種計劃。計算方法與上相同。

五、幾種特殊情況注意的問題
　　草菇：二級種有易二次污染的特性，應及時使用；三級種可迅速出菇，不宜久存。
　　雞腿菇：菌種不會現蕾，可長期存放，但要 注 意 保 存 環境，防治病蟲和高溫。
　　 雙孢菇：尤其是高溫型菌株，一旦料面周邊發生大塊原基，則不宜做菌種使用。