在南方諸省，由于小麥、玉米較少，所以可以利用稻谷來制作谷粒菌種，效果也很理想。
　　配方：稻谷92％、麩皮5％、石膏2％、石灰1％。
　　制作方法和注意事項：
　　1、選用上年的晚稻谷，烈日下暴曬1－2天，清水洗凈，放入PH值13的石灰水中浸泡。將谷粒浸沒在水面下,夏季在24小時左右，秋、冬季在36－40小時，使米粒充分濕潤，撈起瀝干，晾干表面的水分，然后拌入石膏粉及石灰粉后裝瓶，并在0.2兆帕的壓力下高壓滅菌1.5－2小時，常壓滅菌需在100℃以上保持10小時以上。
　　2、瓶口要加封口料。谷粒培養基表面松散，易失水，不利于菌絲的萌發和定植。為了使接種后的菌絲萌發及定植快，在培養料的表面加一層約2CM厚的常規散碎的料（如棉殼、木屑等培養料），用石灰水調節PH值至8－8.5，濕度掌握用手緊捏有4－5滴水下滴為宜。封口料有一定的含水量，利于菌絲的定植，發菌快，封口早，雜菌就不易侵入，有利于提高菌種的成品率。
　　3、用稻谷制菌種，淀粉及糖份較豐富，容易酸敗變質，污染雜菌，故應注意無菌操作。高溫季節菌種的擺放要注意做到疏散、遮光、降溫、通風及環境消毒，以確保菌種的成品率。在管理上的關鍵是降溫和環境消毒。谷粒菌種的擺放，在自然溫度下，盡量做到不擠疊在一起。因為，菌絲生長發育過程中，會釋放出熱量，如過分擠疊在一起，會使小環境的溫度偏高，不利于菌絲的生長。溫度偏高又會使培養基變質，導致污染。谷粒菌種培養期間，環境應注意清潔、干燥。