能夠使食用菌致病的一類生物稱為病原物，病原物主要有真菌、放線菌、細菌、病毒、線蟲等。食用菌雜菌是指與食用菌爭奪營養，污染菌種、培養料、段木等有害的微生物。它們主要類群有：
    1、真菌：
　　真菌有腐生、共生和寄生的。共同特點是營養體為絲狀的菌絲，菌絲管狀，纖細，具有分枝，無色或有色，無隔膜或有隔膜的絲狀物。菌絲體生長至一定階段后即產生繁殖體，典型的繁殖方式是產生各種類型的孢子。食用菌也是一種可食用的真菌，屬于大型真菌。它與病原真菌的區別是：食用菌在正常的生活史中，一般只產生有性孢子而較少產生無性孢子。病原真菌大都產生無性孢子。其次，所有真菌都是不含葉綠素，為不能進行光合作用的異養生物，幾乎所有食用菌都屬于腐生菌。而病原真菌則或強或弱地具有寄生性，可營一定的寄生生活。第三，從分類地位上看，目前進行人工栽培的食用菌都屬于擔子亞門的高等擔子菌，而病原真菌則基本上屬于半知菌亞門。從生物特性看，病原真菌喜高溫、高濕、通風不良及偏酸性的環境，病原孢子的傳播主要靠氣流和噴水。
   2、放線菌：
　　放線菌是單細胞的菌絲體，靠孢子繁殖，主要存在于土壤和廄肥中，侵入菌種時常常造成菌種污染。常見的有白色鏈霉菌、濕鏈霉菌和粉末鏈霉菌、諾卡氏菌等。
　　在瓊脂培養基上，放線菌菌落形態與細菌菌落有明顯的差異，其菌落大小介于霉菌與細菌之間，菌落表面多為緊密的絨狀、堅實多皺，長孢子后呈粉末狀。放線菌的細胞細長，中間不間隔，稱為菌絲；放線菌菌絲寬度與細菌寬度相似。它的菌絲有兩種，一種在培養基內部，稱為基內菌絲，它起著吸收營養的作用，另一種在培養基表面，向空氣中伸出，稱為氣生菌絲。
　　3、細菌：
　　是一種單細胞的微生物。細菌與真菌不同，它沒有絲狀的菌絲，其營養體與繁殖體都是單細胞，其繁殖方式為分裂或叫裂殖。病原細菌要求高溫高濕，特別是菌蓋表面較長時間都保持在水濕狀態條件下有利于細菌的繁殖和易引起病害。適宜中性至偏堿性環境中，澆水是病原細菌最主要的傳染途徑。食用菌的病殘體及栽培過食用菌的培養料是病原細菌的主要侵染源。
　　4、病毒：
　　是一類比細菌還要小得多的病原生物，它不像細菌那樣具有細胞壁和細胞核，而是一種以核酸為中心、外殼為蛋白質非細胞結構的簡單生物，只能寄生在其它生物的活細胞內。引起食用菌發生病毒病的病毒，絕大多數都是球狀結構的。其繁殖方式為復制。
　　5、線蟲：
　　又稱蠕蟲，是低等動物。菇類受線蟲危害所表現的癥狀與一般病害相似，常稱線蟲病。線蟲無色，體形極小，體長僅1mm左右。在菇體內繁殖很快，幼蟲經過2-3天即可發育成熟，并再生幼蟲，10多天即繁殖一代。噬食菌絲，侵害菇體后，菇體軟水漬狀，菌蓋變黃，形成柄長蓋小的畸形菇。危害食用菌的線蟲主要來源于培養料及覆土。
　　食用菌菌種生產中常見的雜菌
　　綠霉菌：
　　1、癥狀：初期在培養基或培養料上長出白色纖細的菌絲，幾天后便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落變為綠色、粉狀。
　　2、病原：常見的綠霉菌有綠色木霉菌、康氏木霉菌、木素木霉菌等。菌絲纖細，分隔多而明顯，無色。在顯微鏡下看到分生孢子為圓形、無色、單細胞。
　　3、發生：該菌在食用菌菌種及栽培中普遍發生,危害嚴重。由于此菌大量形成分生孢子后，菌落顏色呈綠色，栽培者叫它為綠霉菌。實際上它的確切名稱應叫木霉菌。綠色木霉菌對菌種生產過程不分品種、也不分栽培方式，只要接種后的培養料一旦污染綠霉菌，食用菌的菌絲就不易生長。綠霉菌平時生活在土壤中或有機物質上，產生分生孢子隨氣流飄浮，降到有機物質表面后，在適宜的溫濕度條件下，很快可萌發生長。
　　4、防治：
　　①、菌種分離及生產時，培養基的高壓滅菌必須達到滅菌要求，所用的棉塞不能受潮積水，操作人員必須嚴格遵守無菌操作規程，培養室必須清潔、干燥、通風良好。
　　②、培養料中的麩皮及米糠比例不要超過10%。
　　③、藥劑拌料，用干料量0.2%的25%或50%的多菌靈或1%的甲基托布津拌料，可有效防止綠霉菌的發生。
　　④、當菌筒、菌塊或菌種袋局部發生綠霉菌污染時，可用2%甲醛溶液注射或涂抹；1：200的50%多菌靈或75%的甲基托布津藥液注射或涂抹。
　　毛霉菌：
　　1、癥狀：
　　初期生出灰白色粗壯稀疏的菌絲。其生長速度明顯快于食用菌菌絲生長速度。后期，氣生菌絲頂端形成許多圓形小顆粒體，初為黃白色后變為黑色。
　　2、病原：屬接合菌亞門。
　　3、發生：
　　平常生活在各種有機質上，形成的孢子成熟后在空中飄浮，沉降到有機質表面后，只要溫濕度適宜，很快就可萌發出菌絲，在高溫高濕條件下，生長迅速。培養料滅菌不徹底，接種室或接種箱滅菌不徹底，或工作人員沒有按操作規程工作，或棉塞受潮，或接種后培養室濕度過高等，均可造成毛霉菌污染。
　　4、防治：
　　按綠霉菌防治措施的第一條外，另一條有效措施是用干料重量的0.2%、25%或50%的多菌靈或干粒重量0.1%的甲基托布津拌料，可收到一定的效果。

　　根霉菌：
　1、癥狀：受根霉菌污染后的培養基，無明顯的菌絲生長，只見平貼基物表面根霉匍匐生長，后期在基物表面0.1-0.2cm高處形成許多圓球形小顆粒體。初形成時為灰白色或黃白色。成熟后轉變成黑色。因此，其明顯特征是黑色顆粒狀霉層。
　　2、病原：屬接合菌亞門、接合菌綱、毛霉目、毛霉科。
　　3、發生：根霉菌在菌種和栽培過程中，發生普遍和危害嚴重。平常生活在各種有機質上，適應性強。孢囊孢子從孢子囊散發出來后在空氣中飄浮，沉降到有機質表面后，在一定溫濕度條件下即可萌發生長，由于其沒有氣生菌絲。因此，污染培養料后其擴散速度和范圍不象綠霉和毛霉那么大和快。
　　4、防治：與毛霉菌的預防方法相同。
　　曲霉菌：
　　1、癥狀：污染菌種及培養料的有黑曲霉和黃曲霉。但以黑曲霉發生較多。黑曲霉菌污染培養料或培養基后，可長出絨狀菌絲體。但擴展性差，很快從菌絲上長出分生孢子梗，形成黑粉狀的分生孢子頭，使菌落呈黑色粉狀。
　　2、病原：屬半知菌亞門，絲孢綱、叢梗孢目。
　　3、發生：黑曲霉在自然界分布很廣，幾乎一切有機質上均能生長。其產生的分生孢子飄浮在空中，沉降到有機質上，即可萌發生長，菌種在滅菌不徹底，接種過程不是在無黑曲霉條件下進行都易引起黑曲霉污染，栽培過程中，培養料含水量偏高，空氣濕度過大，以及通風不良等有利于黑曲霉菌生長而污染培養料。
　　4、防治：與毛霉菌的預防方法相同。
　　鏈孢霉：
　　1、癥狀：培養基受到鏈孢霉污染后，其菌絲很快長滿整個容器，并長出淡紅色的分生孢子。呈粉狀，培養瓶或培養袋受污染時，菌絲灰白色黃白色、纖細、向下生長迅速。有時長到棉塞上，很快在棉塞上形成大量淡紅色的分生孢子，厚度可達1cm，所以叫它紅粉菌。
　　2、病原：屬半知菌亞門無性世代。
　　3、發生：平時生長在各種有機質上，為潮濕的蔗渣、玉米蕊、棉籽殼等，均極易發生。當分生孢子降到有機質表面后很快就可萌發生長，培養基、接種室或接種箱消毒不徹底，棉花受潮后未更換，菌種袋有傷損裂口或種子帶有雜菌都可造成成鏈孢霉菌對培養料的污染。
　　4、防治：搞好菌種生產環境，廢棄的培養料及菌種瓶、菌種袋及時處理或深埋。
　　培養料滅菌要徹底并避免棉塞受潮吸濕，搬運過程中不要損傷菌種袋。
　　接種室或接種箱每使用一次后徹底消毒滅菌，保持空氣中沒有雜菌孢子。
　　工作人員嚴格按無菌操作規程操作。
　　及時更換棉塞。
　　菌種培養室內放置石灰塊吸潮。
　　定期檢查，發現污染要及時取出集中處理。
聚端孢霉：
　　1、癥狀：也叫紅粉菌。與鏈孢霉相比，形成的粉紅數量少，不成堆或成團。分生孢子聚在分生孢聚端孢霉子梗頂端，顏色較淡。從生長速度看，而鏈孢霉生長速度快，生長速度較慢。凡受聚端孢霉污染的培養料食用菌菌絲不能生長。
　　2、病原：屬半知菌亞門。
　　3、發生：發生較普遍，但造成危害不及鏈孢霉菌。培養基高壓滅菌不徹底，沒有按無菌操作規程操作，栽培過程中受雜菌污染與菌種發病能力強弱及菇房的高溫高濕有關。
　　4、防治：與鏈孢霉的防治方法一致。
　　青霉菌
　　1、癥狀：初期出現白色或黃白色絨狀菌絲，1-2天后菌落便漸漸變為綠色或藍色的粉狀霉層，局限性生長。凡有青霉菌污染的地方，食用菌菌絲生長受抑制或不能生長。
　　2、病原：屬半知菌亞門、絲孢綱、叢梗孢目、淡色菌科。
　　3、發生：培養基及培養料受污染的條件與聚端孢霉菌相同，菇房高溫高濕有利于青霉菌的生長。
　　4、防治：與毛霉菌的防治方法一致。
　　黑霉：
　　1、癥狀：又名為鏈格孢霉菌。由于在基物生長時菌落呈黑色或黑綠色的絨狀，故稱為黑霉菌。與黑曲霉不同的地方是菌落呈絨狀或帶粉狀，而黑曲霉的菌落呈顆粒狀、粗糙、受污染后培養料變黑色腐爛，食用菌菌絲不能生長。
　　2、病原：屬半知菌亞門、絲孢綱、叢梗孢目、黑色菌科。
　　3、發生：滅菌不徹底，操作不是在無菌條件下進行及菇床培養料含水量偏高和濕度大的條件下，有利于黑霉菌的生長。
　　4、防治：與毛霉菌的防治方法一致。
　　酵母菌:
　　1、癥狀：受酵母菌污染并大量繁殖后，引起菇床培養料發酵變質，散發出酒酸氣味，一般多從床料中間開始發生。
　　2、病原：屬子囊菌亞門半子囊菌綱，酵母目，酵母科。
　　3、發生：酵母菌也是一種分布廣泛的真菌，種類很多，空氣中也漂浮有酵母菌的孢子。此外，水中也有酵母菌的存在，一旦進入菇床，在培養料含水量過高，氣溫較高和通氣條件差的情況下，有利發生。
　　4、防治：
　　①、培養基消毒滅菌保證質量，接種時按無菌操作規程進行，防治污染。
　　②、保證接種用的種子質量。
　　③、栽培時用干料重量的0.2%25%或50%的多菌靈或0.1%70%的甲基托布津拌料。
　　④、控制培養料適宜的含水量，防止含水量的培養料溫度過高。
　　⑤、管理用水要求清潔干凈。
　　⑥、一旦發現培養料酸度過高，并散發出酒酸味時，可用PH13-14石灰水澆灌培養料，控制酵母菌繁殖。
　　放線菌：
　　引起菌咱污染變質常見的放線菌有：白色鏈霉菌，濕鏈霉菌、鏈霉菌、諾卡氏菌。放線菌污染不是大批污染，而是個別菌種瓶出現不正常特征。常在瓶壁出現白色粉狀斑點。或是出現白色纖細的菌絲，易與接種的菌絲相混淆。其區別是，發生放線菌污染時，有些種的白色菌絲大量吐水，有些種的白色菌絲形成干燥發亮的膜狀組織，有些種會交織產生子實體那樣的結構，多數種會產生土腥味。
放線菌菌落表面多為緊密的絨狀，堅實多皺，長孢子后就呈粉狀。它的菌絲有兩種，一種在培養基內部，稱為基內菌絲，它起著吸收營養的作用，另一種在培養基表面，向空氣中伸出，稱為氣生菌絲。
　　防治：選用優質菌種，注意環境衛生，嚴格無菌操作可防止放線菌污染。

　　細菌：
　　馬鈴薯斜面培養基受細菌污染后，表面呈現潮濕狀，有的有明顯的菌落，有的還具有各種顏色，但也有些細菌菌落表面干燥并有折皺，它的個體形態有桿狀、球狀或弧狀。有些桿菌在細胞內能形成圓形或橢圓形的無性休眠體結構，稱為芽孢。芽孢的壁很厚，含水量少，化學物質不易滲透，對高溫、光線、干燥和化學藥品有較強的抵抗力。因此，進行滅菌時，濕熱滅菌溫度要提高到120℃以上，干熱滅菌溫度要140-160℃方能達到滅菌要求。
　　制種過程中，污染菌種的細菌種類很多，最常見有枯草桿菌變種和蠟狀芽孢粘液變種；其次是熒光單胞桿菌、歐氏桿菌、黃色單胞桿菌。
　　細菌廣泛存在于自然界中，因此制種過程中很容易發生細菌污染。制種人員無菌操作不嚴格，或滅菌時冷空氣沒有排干凈壓力不足，或間歇滅菌時，保持間隔時間不夠，是造成細菌污染的主要原因。
　　防治細菌污染必須做到：
　　保證培養基、培養皿滅菌徹底，并將滅過菌的培養基放在30℃左右的溫箱中保存兩天后，經檢查確無細菌污染時才可使用，其次是操作過程必須嚴格按無菌操作進行。
保
　　證接種用的原種或母種未受細菌污染。
　　所用培養基PH值應調成偏酸性，以抑制細菌的生長。
　　原輔材料應新鮮無霉變，拌料時用清潔干凈的井水或河水。
　　控制培養料含水量和培養溫度不能過高。
　　菌種分離或菌種擴大培養時，可在已滅菌的培養基上加進少量的鏈霉素或其他抗生素，防止細菌生長。